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Enregistrement W2895907180 · doi:10.1136/jmedgenet-2018-105322

De novo pathogenic variants in neuronal differentiation factor 2 (NEUROD2) cause a form of early infantile epileptic encephalopathy

2018· article· en· W2895907180 sur OpenAlexaff
Annalisa G. Sega, Emily K. Mis, Kristin Lindstrom, Saadet Mercimek‐Andrews, Weizhen Ji, Megan T. Cho, Jane Juusola, Monica Konstantino, Lauren Jeffries, Mustafa K. Khokha, Saquib A. Lakhani

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNIH Office of the DirectorHartwell Foundation
Mots-clésExome sequencingEpilepsyBiologyCandidate geneGeneticsEncephalopathyDiseaseBioinformaticsGeneMedicineMutationNeuroscienceInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Early infantile epileptic encephalopathies are severe disorders consisting of early-onset refractory seizures accompanied often by significant developmental delay. The increasing availability of next-generation sequencing has facilitated the recognition of single gene mutations as an underlying aetiology of some forms of early infantile epileptic encephalopathies. Objectives This study was designed to identify candidate genes as a potential cause of early infantile epileptic encephalopathy, and then to provide genetic and functional evidence supporting patient variants as causative. Methods We used whole exome sequencing to identify candidate genes. To model the disease and assess the functional effects of patient variants on candidate protein function, we used in vivo CRISPR/Cas9-mediated genome editing and protein overexpression in frog tadpoles. Results We identified novel de novo variants in neuronal differentiation factor 2 ( NEUROD2 ) in two unrelated children with early infantile epileptic encephalopathy. Depleting neurod2 with CRISPR/Cas9-mediated genome editing induced spontaneous seizures in tadpoles, mimicking the patients’ condition. Overexpression of wild-type NEUROD2 induced ectopic neurons in tadpoles; however, patient variants were markedly less effective, suggesting that both variants are dysfunctional and likely pathogenic. Conclusion This study provides clinical and functional support for NEUROD2 variants as a cause of early infantile epileptic encephalopathy, the first evidence of human disease caused by NEUROD2 variants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,740
Score d'incertitude au seuil0,387

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations48
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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