THE EPIDEMIOLOGY AND MICROBIOLOGY OF CLOSTRIDIUM DIFFICILE IN LONG-TERM CARE AND ACUTE CARE, AND CHARACTERIZATION OF THE FECAL MICROBIOTA IN ELDERLY INDIVIDUALS IN ONTARIO, CANADA
Notice bibliographique
Résumé
This thesis is an investigation of Clostridium difficile in elderly patients in an acute care facility (ACF) and residents in a long-term care facility (LTCF) in southern Ontario, Canada. The first part of this thesis presents the findings of a cross-sectional study that describes the epidemiology and microbiology of C. difficile in elderly individuals. C. difficile was isolated from 92/410 (22.4%) ACF and 89/474 (18.8%) LTCF samples. Ribotypes 027 (35%) and 020 (10.4%) predominated the LTCF while ribotypes AI-82/1 (20.7%) and ribotype O (14.1%) predominated the ACF (P=0.031). In the LTCF, C. difficile colonization was associated with a history of Proton Pump Inhibitor (PPI) use (OR=2.05, P=0.003, 95% CI=1.20-3.49), and the interaction terms of male residents with prior medical leave of absence (OR=11.28, P=0.011. 95% CI=1.70-74.87), and a prior history of C. difficile infection (CDI) combined with fluoroquinolone use (OR=39.30, P=0.032, 95% CI=0.032). In the ACF, C. difficile colonization was associated with length of stay (OR=1.00, P=0.037, 95% CI=0.10-1.00), feeding through a tube (OR=4.83, P=0.001, 95% CI=1.95-11.97), antibiotic use (OR=4.36, P=0.050, 95% CI=1.00-18.95), immunosuppressive therapy (OR=8.09, P=0.001, 95% CI=2.24-29.22), and VRE colonization (OR=19.64, P=0.016, 95% CI=1.73-222.61), and the interaction terms for cephalosporin and fluoroquinolone use (OR=31.13, P=0.022 95% CI=1.51-1077.61), and prior CDI and cephalosporin use (OR=59.59, P=0.044, 95% CI=1.12-2854.07). The second part of this thesis describes the fecal microbiota of elderly individuals from ACF and LTCF, and evaluates the impact of PPIs, antibiotics, facility, and C. difficile colonization on microbial diversity, richness, evenness, community, and structure. Evenness and diversity were not affected by other risk factors. Facility and C. difficile colonization were associated with changes in relative abundance of key taxa. Community membership and structure were affected by facility. The changes identified in this study group, might better shape healthcare approaches in elderly, serving as indicators of health as well as aid in development of novel bacterial therapies. C. difficile colonization remains a complex and challenging issue, with the implications in its development of CDI still unclear. Given the potential for transmission by individuals colonized with C. difficile colonized, this area warrants further study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».