Designer <i>Sinorhizobium meliloti</i> strains and multi-functional vectors for direct inter-kingdom transfer of high G+C content DNA
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Storage and manipulation of large DNA fragments is crucial for synthetic biology applications, yet DNA with high G+C content can be unstable in many host organisms. Here, we report the development of Sinorhizobium meliloti as a new universal host that can store DNA, including high G+C content, and mobilize DNA to Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae , and the eukaryotic microalgae Phaeodactylum tricornutum . We deleted the S. meliloti hsdR restriction-system to enable DNA transformation with up to 1.4 x 10 5 efficiency. Multi-host and multi-functional shuttle vectors (MHS) were constructed and shown to stably replicate in S. meliloti, E. coli, S. cerevisiae , and P. tricornutum , with a copy-number inducible E. coli origin for isolating plasmid DNA. Crucially, we demonstrated that S. meliloti can act as a universal conjugative donor for MHS plasmids with a cargo of at least 62 kb of G+C rich DNA derived from Deinococcus radiodurans .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».