Genetic and secondary causes of severe HDL deficiency and cardiovascular disease
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary key words apoA-I • ABCA1 • lecithin:cholesterol acyltransferase • lipoprotein lipase • high density lipoprotein metabolism • reverse cholesterol metabolism • dyslipidemia • genes in lipid disordersIt has been concluded that genetic HDL deficiency is not causative for atherosclerotic cardiovascular disease (ASCVD), in contrast to genetic hypercholesterolemia associated with elevated levels of LDL cholesterol (LDL-C) or genetic hypertriglyceridemia (1, 2).This assessment has been reported in high-impact journals by a very large number of authors, representing some of the most prominent and well-known scientists in our field.The data generated stem from a very large number of subjects studied with and without ASCVD.The analyses, however, were based entirely on SNPs, mainly in intronic DNA regions, and excluded the four most important genes that regulate HDL cholesterol (HDL-C) levels: ABCA1, LCAT, APOA1, and LPL.The exclusions were justified by study findings that 1) genetic variations at the ABCA1, LCAT, APOA1, and LPL gene loci also affect TG and/or LDL-C levels and 2) an LIPC variant was not associated with ASCVD (1, 2).In our view this justification is flawed.Our recent review of severe HDL deficiency has documented that patients with HDL-C levels <20 mg/dl in the absence of secondary causes may have premature ASCVD, especially if such patients are homozygous or compound heterozygous for mutations in the APOA1 or ABCA1 genes (3).Abstract We assessed secondary and genetic causes of severe HDL deficiency in 258,252 subjects, of whom 370 men (0.33%) and 144 women (0.099%) had HDL cholesterol levels <20 mg/dl.We excluded 206 subjects (40.1%) with significant elevations of triglycerides, C-reactive protein, glycosylated hemoglobin, myeloperoxidase, or liver enzymes and men receiving testosterone.We sequenced 23 lipid-related genes in 201 (65.3%) of 308 eligible subjects.Mutations (23 novel) and selected variants were found at the following gene loci: 1) ABCA1 (26.9%): 2 homozygotes, 7 compound or double heterozygotes, 30 heterozygotes, and 2 homozygotes and 13 heterozygotes with variants rs9282541/p.R230C or rs111292742/c.-279C>G; 2) LCAT (12.4%): 1 homozygote, 3 compound heterozygotes, 13 heterozygotes, and 8 heterozygotes with variant rs4986970/p.S232T; 3) APOA1 (5.0%): 1 homozygote and 9 heterozygotes; and 4) LPL (4.5%): 1 heterozygote and 8 heterozygotes with variant rs268/p.N318S.In addition, 4.5% had other mutations, and 46.8% had no mutations.Atherosclerotic cardiovascular disease (ASCVD) prevalence rates in the ABCA1, LCAT, APOA1, LPL, and mutation-negative groups were 37.0%, 4.0%, 40.0%, 11.1%, and 6.4%, respectively.Severe HDL deficiency is uncommon, with 40.1% having secondary causes and 48.8% of the subjects sequenced having ABCA1, LCAT, APOA1, or LPL mutations or variants, with the highest ASCVD prevalence rates being observed in the ABCA1 and APOA1 groups.-Geller, A. S., E. Y.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,093 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».