MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2896518632 · doi:10.1038/s41467-018-06318-7

Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations

2018· article· en· W2896518632 sur OpenAlexafffund
Sonya A. MacParland, Jeff C. Liu, Xue‐Zhong Ma, Brendan T. Innes, Agata Bartczak, Blair K. Gage, Justin Manuel, Nicholas Khuu, Juan Echeverri, Ivan Linares, Rahul Gupta, Michael Cheng, Lewis Liu, Damra Camat, Sai Chung, Rebecca K. Seliga, Zigong Shao, Elizabeth Lee, Shinichiro Ogawa, Mina Ogawa, Michael D. Wilson, Jason E. Fish, Markus Selzner, Anand Ghanekar, David Grant, Paul D. Greig, Gonzalo Sapisochín, Nazia Selzner, Neil Winegarden, Oyedele Adeyi, Gordon Keller, Gary D. Bader, Ian D. McGilvray

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenPrincess Margaret Cancer CentreUniversity Health NetworkToronto General HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of HealthCanada First Research Excellence FundUniversiteit GentUniversity of TorontoUniversity of Washington
Mots-clésHepatic stellate cellImmune systemBiologyFlow cytometryCellLiver cytologyParenchymaCell typeMacrophageRNAMonocytePathologyCell biologyImmunologyGeneMedicineIn vitroGeneticsEndocrinology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The liver is the largest solid organ in the body and is critical for metabolic and immune functions. However, little is known about the cells that make up the human liver and its immune microenvironment. Here we report a map of the cellular landscape of the human liver using single-cell RNA sequencing. We provide the transcriptional profiles of 8444 parenchymal and non-parenchymal cells obtained from the fractionation of fresh hepatic tissue from five human livers. Using gene expression patterns, flow cytometry, and immunohistochemical examinations, we identify 20 discrete cell populations of hepatocytes, endothelial cells, cholangiocytes, hepatic stellate cells, B cells, conventional and non-conventional T cells, NK-like cells, and distinct intrahepatic monocyte/macrophage populations. Together, our study presents a comprehensive view of the human liver at single-cell resolution that outlines the characteristics of resident cells in the liver, and in particular provides a map of the human hepatic immune microenvironment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,296
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 620
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueNature CommunicationsMême sujetSingle-cell and spatial transcriptomicsTravaux en français237 207