2301. <i>Streptococcus pneumoniae S</i>erotyping: Assessing the Performance of a PCR- and Sequencing-Based Testing Algorithm
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus pneumoniae is a bacterium that causes significant morbidity and mortality worldwide. Its capsular polysaccharides have been used successfully as vaccine antigens, and to characterize S. pneumoniae into 92 different serotypes. Phenotypic (Quellung reaction) or genotopic (PCR or sequencing) methods can be used for serotype assignment, but the performance may vary between methods. This study compared the performance of the Quellung reaction, to an algorithm using PCR- and sequence-based serotyping technologies for vaccine-preventable or closely related serotypes. A panel of geographically diverse isolates of S. pneumoniae spanning 92 different serotypes was provided by various references laboratories worldwide. Each isolate was subjected to conventional multiplex PCR methods, using previously established methods. Sanger sequencing was performed using genetic signatures defined in the PneumoCaT database. When discrepant, Quellung reaction were repeated, and next-generation sequencing and comparative genomics was used to evaluate the sequence composition of the cps loci. As expected, PCR was unable to assign serotype in some cases, and some serotype results were insufficiently discriminatory. Following sequencing, 86.3% (404/468) of isolates were concordant with the Quellung serotyping. Discrepant analyses are underway. An algorithm based on PCR and sequencing, or next-generation sequencing alone, shows much promise for serotyping of S. pneumoniae. However, discrepant results were noted, suggesting either our current understanding of genetic signatures conferring serotype-specificity might not be complete, or the Quellung reaction results were incorrect. Accurate methods for serotyping are essential to monitor the impact of pneumococcal vaccines, and understand the epidemiology of S. pneumoniae diseases. S. A. McNeil, GSK: Grant Investigator, Research grant. Pfizer: Grant Investigator, Research grant. Merck: Collaborator and Consultant, Contract clinical trials and Speaker honorarium. Novartis: Collaborator, Contract clinical trials. Sanofi Pasteur: Collaborator, Contract clinical trials.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».