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Enregistrement W2897469060 · doi:10.1002/ajmg.b.32652

Genetic correlations among psychiatric and immune‐related phenotypes based on genome‐wide association data

2018· article· en· W2897469060 sur OpenAlexaff
Daniel S. Tylee, Jiayin Sun, Jonathan Hess, Muhammad A. Tahir, Esha Sharma, Rainer Malik, Bradford B. Worrall, Andrew J. Levine, Jeremy Martinson, Sergey Nejentsev, Doug Speed, Annegret Fischer, Eric Mick, Brian R. Walker, Andrew Crawford, Struan F.A. Grant, Constantin Polychronakos, Jonathan P. Bradfield, Patrick Sleiman, Håkon Håkonarson, Eva Ellinghaus, James T. Elder, Lam C. Tsoi, Richard C. Trembath, André Franke, Abbas Dehghan

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Medical Genetics Part B Neuropsychiatric Genetics · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesNational Institute of Mental HealthNIHR Cambridge Biomedical Research CentreNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesMedical Research CouncilNational Institutes of HealthNational Institute for Health and Care ResearchNational Institute on AgingStiftung zur Erforschung der Vaskulären DemenzAutism SpeaksGerber FoundationBritish Heart FoundationCenter for AIDS Research, University of California Los AngelesWellcome TrustSidney R. Baer, Jr. FoundationCenter for AIDS Research, University of WashingtonNational Institute on Drug AbuseNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionBrain and Behavior Research Foundation
Mots-clésGenome-wide association studyAssociation (psychology)Genetic associationPhenotypePsychiatric geneticsGenetic dataGeneticsBiologyComputational biologyPsychologyData sciencePsychiatryMedicineGeneComputer scienceGenotypeSingle-nucleotide polymorphismSchizophrenia (object-oriented programming)Environmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Individuals with psychiatric disorders have elevated rates of autoimmune comorbidity and altered immune signaling. It is unclear whether these altered immunological states have a shared genetic basis with those psychiatric disorders. The present study sought to use existing summary-level data from previous genome-wide association studies to determine if commonly varying single nucleotide polymorphisms are shared between psychiatric and immune-related phenotypes. We estimated heritability and examined pair-wise genetic correlations using the linkage disequilibrium score regression (LDSC) and heritability estimation from summary statistics methods. Using LDSC, we observed significant genetic correlations between immune-related disorders and several psychiatric disorders, including anorexia nervosa, attention deficit-hyperactivity disorder, bipolar disorder, major depression, obsessive compulsive disorder, schizophrenia, smoking behavior, and Tourette syndrome. Loci significantly mediating genetic correlations were identified for schizophrenia when analytically paired with Crohn's disease, primary biliary cirrhosis, systemic lupus erythematosus, and ulcerative colitis. We report significantly correlated loci and highlight those containing genome-wide associations and candidate genes for respective disorders. We also used the LDSC method to characterize genetic correlations among the immune-related phenotypes. We discuss our findings in the context of relevant genetic and epidemiological literature, as well as the limitations and caveats of the study.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,028
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,265
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations240
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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