Abstract 67: RNA Expression Differentiates Large Artery And Cardioembolic Stroke: A Pilot Analysis From The BASE Trial
Notice bibliographique
Résumé
Background: An accurate test to differentiate large artery stroke patients from those with cardioembolic stroke would be of significant utility. Using the Biomarkers of Acute Stroke Etiology (BASE) trial (NCT02014896) dataset, our purpose was to determine if blood gene expression signatures accurately differentiate large artery stroke patients from those with cardioembolic stroke. Methods: The BASE trial enrolled suspected stroke patients presenting to 10 hospitals within 8 hours of symptom onset. Gold standard diagnosis was per local neurologist adjudication blinded to RNA testing. The final gold standard diagnosis was determined by an adjudication committee blinded to RNA test results. Whole blood, obtained in PAX tubes, was frozen at -20C within 72 hours and analyzed at a core lab (Ischemia Care, LLC, Blue Ash, OH) using Affymetrix HTA micro arrays. Significantly differentially expressed genes (p<0.005) were identified by calculating an empirical Bayes moderated t-statistic contrasting expression in large artery and cardioembolic stroke patients. Differentially expressed genes were used as input to a multi-layer perceptron neural network to derive a 66-gene diagnostic signature. Results: Overall, 32 patients were enrolled, 8 (25%) with large artery stroke and 24 (75%) with cardioembolic stroke; 50% were male, and median (IQR) age was 68.6 (47,88). Median (IQR) time from symptoms to presentation was 102.5 (14, 450) minutes. Coexistent pathology at presentation was atrial fibrillation in 13 (41%), heart failure 7 (22%), prior stroke 7 (22%), and coronary artery disease 8 (25%). The resulting gene signature distinguished large artery stroke from cardioembolic stroke; C-statistic 0.99 (0.94-1.0, 95% CI), sensitivity 0.91 (0.56-1.0, 95% CI), at a fixed specificity of 0.95, as observed in 5-fold cross validation of the training data. Conclusion: RNA expression differentiates large artery stroke patients from those with cardioembolic stroke, and may have therapeutic and outcome implications.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».