A Unified Resource for Tracking Anti-CRISPR Names
Notice bibliographique
Résumé
In the battle between CRISPR-Cas* prokaryotic immune systems and the elements that they target, a diverse array of ''anti-CRISPR'' proteins have evolved.These proteins appear to have arisen independently multiple times in evolution and function through diverse mechanisms to inhibit CRISPR-Cas immunity.For comprehensive reviews on anti-CRISPRs, we direct readers to recent publications.1,2 Due to the increasing interest in anti-CRISPRs, many new families of these proteins have been discovered in the past year or so.There are now 36 distinct families of anti-CRISPRs described in the literature that block seven subtypes of CRISPR-Cas systems.[3][4][5][6][7][8][9][10][11][12] In 2015, a naming system for anti-CRISPR genes and proteins was introduced.6,13 To date, this system has been followed in all subsequent publications describing newly discovered anti-CRISPRs.However, as the rate of anti-CRISPR discovery will likely accelerate in the coming years, we feel that it would be advantageous to establish a database for the registration and tracking of anti-CRISPR names.The primary goal of this database will be to prevent redundant names being used in publications, thus avoiding confusion in the literature.Anti-CRISPR proteins are named according to the subtype they inhibit and the order in which they were discovered-for example, AcrIF1 was the first anti-CRISPR protein identified to inhibit the type I-F system.The database (a Google document) can be found here: https://tinyurl.com/anti-CRISPRWe propose that this document be updated when researchers have had a manuscript accepted for publication in which new anti-CRISPRs are described.We suggest that the authors upload relevant data to the spreadsheet, including the name, CRISPR-Cas subtype inhibited, reference, and amino-acid sequence of the anti-CRISPR (Table 1).This spreadsheet may also be utilized by those preparing a manuscript for submission to ensure that they use anti-CRISPR names that are still available.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,033 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,006 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,012 | 0,016 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,045 | 0,051 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».