Cloning, expression, and bioinformatics analysis of a putative pigeon retinoid acid-inducible gene-I
Notice bibliographique
Résumé
Retinoid acid-inducible gene-I (RIG-I) is a major cytoplasmic RNA sensor, playing an essential role in detecting viral RNA and triggering antiviral innate immune responses. The objective of the present study was to characterize the structure and expression of the RIG-I gene in pigeons. The pigeon RIG-I (piRIG-I) was cloned from splenic lymphocytes of pigeons using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and rapid amplification of cDNA ends. The cDNA of piRIG-I contains a 147 bp 5′-untranslated regions (UTRs), a 2787 bp open reading frame, and 2962 bp 3′-UTRs. Based on this sequence, the encoded piRIG-I protein is predicted to consist of 928 amino acids, and it has conserved domains typical of RIG-I-like receptors (RLRs) including two tandem arranged N-terminal caspase recruitment domains, a domain with the signature of DExD/H box helicase (helicase domain), and a C-terminal repression domain similar to finch RIG-I, duck RIG-I, goose RIG-I, human RIG-I, and mouse RIG-I. The piRIG-I shows 82.1%, 78.6%, and 78.2% amino acid sequence identity with previously described finch RIG-I, duck RIG-I, and goose RIG-I, respectively, and 49.7%–53.8% sequence identity with mammalian homologs. Quantitative RT-PCR (qRT-PCR) analysis indicated that the piRIG-I mRNA is scarcely detected in healthy tissues, and it is strongly expressed in the thymus gland, kidney, spleen, and bursa of Fabricius. These findings lay the foundation for further research on the function and mechanism of avian RIG-I in innate immune response related to vaccinations and infectious diseases in the pigeon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».