Comparative whole-genome analysis reveals genetic adaptation of the invasive pinewood nematode
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Genetic adaptation to new environments is essential for invasive species. To explore the genetic underpinnings of invasiveness of a dangerous invasive species, the pinewood nematode (PWN) Bursaphelenchus xylophilus , we analysed the genome-wide variations of a large cohort of 55 strains isolated from both the native and introduced regions. Comparative analysis showed abundant genetic diversity existing in the nematode, especially in the native populations. Phylogenetic relationships and principal component analysis indicate a dominant invasive population/group (DIG) existing in China and expansion beyond, with few genomic variations. Putative origin and migration paths at a global scale were traced by targeted analysis of rDNA sequences. A progressive loss of genetic diversity was observed along spread routes. We focused on variations with a low frequency allele (<50%) in the native USA population but fixation in DIG, and a total of 25,992 single nuclear polymorphisms (SNPs) were screened out. We found that a clear majority of these fixation alleles originated from standing variation. Functional annotation of these SNP-harboured genes showed that adaptation-related genes are abundant, such as genes that encode for chemoreceptors, proteases, detoxification enzymes, and proteins involved in signal transduction and in response to stresses and stimuli. Some genes under positive selection were predicted. Our results suggest that adaptability to new environments plays essentially roles in PWN invasiveness. Genetic drift, mutation and strong selection drive the nematode to rapidly evolve in adaptation to new environments, which including local pine hosts, vector beetles, commensal microflora and other new environmental factors, during invasion process.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».