Monocot plastid phylogenomics, timeline, net rates of species diversification, the power of multi‐gene analyses, and a functional model for the origin of monocots
Notice bibliographique
Résumé
PREMISE OF THE STUDY: We present the first plastome phylogeny encompassing all 77 monocot families, estimate branch support, and infer monocot-wide divergence times and rates of species diversification. METHODS: We conducted maximum likelihood analyses of phylogeny and BAMM studies of diversification rates based on 77 plastid genes across 545 monocots and 22 outgroups. We quantified how branch support and ascertainment vary with gene number, branch length, and branch depth. KEY RESULTS: Phylogenomic analyses shift the placement of 16 families in relation to earlier studies based on four plastid genes, add seven families, date the divergence between monocots and eudicots+Ceratophyllum at 136 Mya, successfully place all mycoheterotrophic taxa examined, and support recognizing Taccaceae and Thismiaceae as separate families and Arecales and Dasypogonales as separate orders. Only 45% of interfamilial divergences occurred after the Cretaceous. Net species diversification underwent four large-scale accelerations in PACMAD-BOP Poaceae, Asparagales sister to Doryanthaceae, Orchidoideae-Epidendroideae, and Araceae sister to Lemnoideae, each associated with specific ecological/morphological shifts. Branch ascertainment and support across monocots increase with gene number and branch length, and decrease with relative branch depth. Analysis of entire plastomes in Zingiberales quantifies the importance of non-coding regions in identifying and supporting short, deep branches. CONCLUSIONS: We provide the first resolved, well-supported monocot phylogeny and timeline spanning all families, and quantify the significant contribution of plastome-scale data to resolving short, deep branches. We outline a new functional model for the evolution of monocots and their diagnostic morphological traits from submersed aquatic ancestors, supported by convergent evolution of many of these traits in aquatic Hydatellaceae (Nymphaeales).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».