Comparative analysis of swallowtail transcriptomes suggests molecular determinants for speciation and adaptation
Notice bibliographique
Résumé
Genetic determinants of speciation in closely related species are poorly understood. We sequenced and analyzed transcriptomes of swallowtail butterflies Heraclides cresphontes (northeastern species) and Heraclides rumiko (southwestern species), a pair of mostly allopatric sister species whose distribution ranges overlap narrowly in central Texas. We found that the two swallowtails confidently differ (FST > 0.5 for both species) in about 5% of genes, similarly to the divergence in another pair of swallowtail species Pterourus glaucus (southern species) and Pterourus canadensis (northern species). The same genes tend to diverge in both species pairs, suggesting similar speciation paths in Heraclides and Pterourus. The most significant differences for both species pairs were found in the circadian clock genes that were conserved within each species and diverged strongly between species (P-value < 0.01 and FST > 0.7). This divergence implied that adaptations to different climates and photoperiod at different latitudes or differences in mating behavior, including mating time and copulation duration, may be possible factors in ecological or behavioral-based speciation. Finally, we suggest several nuclear DNA regions that consistently and prominently differ between the sister swallowtail species as nuclear barcodes for swallowtail identification, with the best barcode being an exon from the protein TIMELESS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».