Guided Evolution of Recombinant Bombyx mori Acetylcholinesterase II by Homology Modeling to Change Pesticide Sensitivity
Notice bibliographique
Résumé
Acetylcholinesterase (AChE) has been widely used for the detection of organophosphate and carbamate pesticides, due to its high sensitivity and low limit of detection to the presence of pesticides. The homology modeled recombinant Bombyx mori Acetylcholinesterase II (rBm-AChE II) and docking results with multiple pesticides inferred that Y398, located at the bottleneck of the active site gorge, might be important for enzyme sensitivity. Thus, three mutants (Y398G, Y398F, Y398W) were constructed and exhibited different enzyme activities and sensitivities. The results showed that Y398W possessed a remarkably increased enzyme activity, while Y398F had a significant reduction. The Y398F has an approximately 2-fold lower IC50 for some pesticides than the wild type enzyme, indicating a higher sensitivity. With the detailed investigation of the conformations of computer simulation, we propose that for the positively charged and small substrate ATChI, a larger side chain at position 398 improves the fixation of the substrate in an appropriate conformation for catalysis. For bulky substrates such as pesticides, the diffusion in the active site gorge may be related to the enlargement of the bottleneck by having proper orientations more easily. In addition, a more hydrophobic side chain at the bottleneck seemed to be beneficial for ligand diffusion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».