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Enregistrement W2898626731 · doi:10.1101/457739

Image processing and analysis methods for the Adolescent Brain Cognitive Development Study

2018· preprint· en· W2898626731 sur OpenAlexaff
Donald J. Hagler, Sean N. Hatton, Carolina Makowski, M. Daniela Cornejo, Damien A. Fair, Anthony Steven Dick, Matthew T. Sutherland, BJ Casey, Deanna M. Barch, Michael P. Harms, Richard Watts, James M. Bjork, Hugh Garavan, Laura Hilmer, Christopher J. Pung, Chelsea S. Sicat, Joshua Kuperman, Hauke Bartsch, Feng Xue, Mary M. Heitzeg, Angela R. Laird, Thanh T. Trinh, Raúl González, Susan F. Tapert, Michael C. Riedel, Lindsay M. Squeglia, Luke W. Hyde, Monica D. Rosenberg, Eric Earl, Katia Delrahim Howlett, Fiona C. Baker, Mary Soules, Jazmín Díaz, Octavio Ruiz de Leon, Wesley K. Thompson, Michael C. Neale, Megan M. Herting, Elizabeth R. Sowell, Ruben P. Alvarez, Samuel W. Hawes, Mariana Sánchez, Jerzy Bodurka, Florence J. Breslin, Amanda Sheffield Morris, Martin P. Paulus, W. Kyle Simmons, Jon̈athan R. Polimeni, André van der Kouwe, Andrew S. Nencka, Kevin M. Gray, Carlo Pierpaoli, John A. Matochik, Antonio Noronha, Will M. Aklin, Kevin P. Conway, Meyer D. Glantz, Elizabeth A. Hoffman, Marsha F. Lopez, Vani Pariyadath, Susan R.B. Weiss, Dana L. Wolff‐Hughes, Rebecca DelCarmen‐Wiggins, Sarah W. Feldstein Ewing, Óscar Miranda-Domínguez, Bonnie J. Nagel, Anders Perrone, Darrick Sturgeon, Aimée Goldstone, Adolf Pfefferbaum, Kilian M. Pohl, Devin Prouty, Kristina A. Uban, Susan Y. Bookheimer, Mirella Dapretto, Adriana Galván, Kara Bagot, Jay N. Giedd, M. Alejandra Infante, Joanna Jacobus, Kevin Patrick, Paul D. Shilling, Rahul S. Desikan, Yi Li, Leo P. Sugrue, Marie T. Banich, Naomi P. Friedman, John K. Hewitt, Christian J. Hopfer, Joseph T. Sakai, Jody Tanabe, Linda B. Cottler, Sara Jo Nixon, Linda Chang, Christine Cloak, Thomas Ernst, Gloria Reeves, David N. Kennedy, Steve Heeringa, Scott Peltier, John E. Schulenberg, Chandra Sripada, Robert A. Zucker, William G. Iacono, Mónica Luciana, Finnegan J. Calabro, Duncan B. Clark, David A. Lewis, Beatríz Luna, Claudiu Schirda, Tufikameni Brima, John J. Foxe, Edward G. Freedman, Daniel W. Mruzek, Michael J. Mason, Rebekah S. Huber, Erin McGlade, Andrew P. Prescot, Perry F. Renshaw, Deborah Yurgelun‐Todd, Nicholas Allgaier, Julie A. Dumas, Masha Y. Ivanova, Alexandra Potter, Paul Florsheim, Christine L. Larson, Krista M. Lisdahl, Michael E. Charness, Bernard F. Fuemmeler, John M. Hettema, Joel L. Steinberg, Andrey P. Anokhin, Paul E.A. Glaser, Andrew C. Heath, Pamela A. F. Madden, Arielle Baskin–Sommers, R. Todd Constable, Steven Grant, Gayathri J. Dowling, Sandra A. Brown, Terry L. Jernigan, Anders M. Dale

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNational Institute on Minority Health and Health DisparitiesOffice of Research on Women's HealthOffice of Behavioral and Social Sciences ResearchNational Institute on Drug AbuseU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthNational Institute of Mental HealthNational Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism
Mots-clésNeuroimagingCognitionFunctional magnetic resonance imagingPsychologyFunctional neuroimagingNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The Adolescent Brain Cognitive Development (ABCD) Study is an ongoing, nationwide study of the effects of environmental influences on behavioral and brain development in adolescents. The ABCD Study is a collaborative effort, including a Coordinating Center, 21 data acquisition sites across the United States, and a Data Analysis and Informatics Center (DAIC). The main objective of the study is to recruit and assess over eleven thousand 9-10-year-olds and follow them over the course of 10 years to characterize normative brain and cognitive development, the many factors that influence brain development, and the effects of those factors on mental health and other outcomes. The study employs state-of-the-art multimodal brain imaging, cognitive and clinical assessments, bioassays, and careful assessment of substance use, environment, psychopathological symptoms, and social functioning. The data will provide a resource of unprecedented scale and depth for studying typical and atypical development. Here, we describe the baseline neuroimaging processing and subject-level analysis methods used by the ABCD DAIC in the centralized processing and extraction of neuroanatomical and functional imaging phenotypes. Neuroimaging processing and analyses include modality-specific corrections for distortions and motion, brain segmentation and cortical surface reconstruction derived from structural magnetic resonance imaging (sMRI), analysis of brain microstructure using diffusion MRI (dMRI), task-related analysis of functional MRI (fMRI), and functional connectivity analysis of resting-state fMRI. Highlights An overview of the MRI processing pipeline for the ABCD Study A discussion on the challenges of large, multisite population studies A methodological reference for users of publicly shared data from the ABCD Study

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,012
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,028
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,020
Score d'incertitude au seuil0,068

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0120,028
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0030,003
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0200,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,050
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations134
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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