Gene set enrichment analysis of the bronchial epithelium implicates contribution of cell cycle and tissue repair processes in equine asthma
Notice bibliographique
Résumé
Severe equine asthma is a chronic inflammatory condition of the lower airways similar to adult-onset asthma in humans. Exacerbations are characterized by bronchial and bronchiolar neutrophilic inflammation, mucus hypersecretion and airway constriction. In this study we analyzed the gene expression response of the bronchial epithelium within groups of asthmatic and non-asthmatic animals following exposure to a dusty hay challenge. After challenge we identified 2341 and 120 differentially expressed genes in asthmatic and non-asthmatic horses, respectively. Gene set enrichment analysis of changes in gene expression after challenge identified 587 and 171 significantly enriched gene sets in asthmatic and non-asthmatic horses, respectively. Gene sets in asthmatic animals pertained, but were not limited, to cell cycle, neutrophil migration and chemotaxis, wound healing, hemostasis, coagulation, regulation of body fluid levels, and the hedgehog pathway. Furthermore, transcription factor target enrichment analysis in the asthmatic group showed that transcription factor motifs with the highest enrichment scores for up-regulated genes belonged to the E2F transcription factor family. It is postulated that engagement of hedgehog and E2F pathways in asthmatic horses promotes dysregulated cell proliferation and abnormal epithelial repair. These fundamental lesions may prevent re-establishment of homeostasis and perpetuate inflammation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».