Characterization of Escherichia coli involved in extraintestinal infections among patients in North-western Tanzania: circulating sequence types, risk factors and antimicrobial resistance profiles
Notice bibliographique
Résumé
Limited information is available regarding the population structure of extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC), and especially ST131 in Africa. Delineation of ExPEC clones among patients in Tanzania is pivotal in guiding antimicrobial therapies and infection preventive measures. A cross sectional analytical study was conducted between 2016 and 2017 in seven health care facilities (HCF) in North-western Tanzania, involving 1,828 pregnant women and 950 children under five years of age. Characterization of 226 ExPEC strains (128 from pregnant women, 15 from children and 83 from other patients) into ST-fimH clones (by the 7SNP-qPCR and gene sequencing), and ST131 clades (by multiplex PCR) was performed. The prevalence of urinary tract infections (UTIs) and blood stream infections (BSIs) among pregnant women and children was 17.7% (95%CI: 16.0-19.5%) and 14.2% (95%CI: 12.1%-16.6%), respectively, with predominance of ExPEC, Klebsiella spp. and Staphylococcus aureus. Third generation cephalosporin resistance (3rd gen Ceph-R) among Enterobacteriaceae was 16.6% (43/259) and 79.0% (75/95), respectively in the two groups; and was significantly higher in strains from a tertiary hospital [OR(95%CI): 3.27(1.02-10.49), p-value=0.046] and [4.95(1.15–21.32), p-value=0.032], among pregnant women and children, respectively compared to lower HCF. Approximately, 64.2% (n=145) of ExPEC strains were typeable using the 7SNP-qPCR and gene sequencing, with predominance of CC10 (33.1%), and ST131-fimH30/41 (17.9%). The 7-SNP qPCR correctly typed all dominant global clones in this ExPEC collection (i.e. ST131-fimH30/41, ST95-fimH41, ST73-fimH9/10 and ST69-fimH27). ST131 clades C1 (9, 34.6%) and C2 (10, 38.5%) predominated, and were associated with fluoroquinolone resistance and 3rd gen Ceph-R, respectively. Extended spectrum beta lactamases in E. coli strains were blaCTX-M-15 (89.8%, n=44), blaCTX-M-27 (n=2), blaCTX-M-24 (n=1), blaCTX-M-14 (n=1) and unknown (n=1). The pulsed field gel electrophoresis displayed heterogeneity among non-typeable strains. There is an increase in multidrug-resistant pathogens in the cascade of the referral health care system, underscoring the need to have level-specific antimicrobial stewardship. The 7-SNP qPCR and multiplex clade PCR are feasible, cost effective and simple molecular tools that can be utilized in surveillance programs to track dominant ExPEC clones, especially in low and middle income countries. This is the first report in Tanzania showing ST131 strains producing blaCTX-M-27.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».