From gene list to gene network: Recognizing functional connections that regulate behavioral traits
Notice bibliographique
Résumé
The study of social breeding systems is often gene focused, and the field of insect sociobiology has been successful at assimilating tools and techniques from molecular biology. One common output from sociogenomic studies is a gene list. Gene lists are readily generated from microarray, RNA sequencing, or other molecular screens that typically aim to prioritize genes based on the differences in their expression. Gene lists, however, are often unsatisfying because the information they provide is simply tabular and does not explain how genes interact with each other, or how genetic interactions change in real time under social or environmental circumstances. Here, we promote a view that is relatively common to molecular systems biology, where gene lists are converted into gene networks that better describe the functional connections that regulate behavioral traits. We present a narrative related to honeybee worker sterility to show how network analysis can be used to reprioritize candidate genes based on connectivity rather than their freestanding expression values. Networks can also reveal multigene modules, motifs, clusters or other system-wide properties that might not be apparent from an ab initio list. We argue that because network analyses are not restricted to "genes" as nodes, their implementation can potentially connect multiple levels of biological organization into a single, progressively complex study system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,003 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».