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Enregistrement W2899376484 · doi:10.1038/s41467-018-06863-1

Germline variation at 8q24 and prostate cancer risk in men of European ancestry

2018· article· en· W2899376484 sur OpenAlexaff
Marco Matejcic, Edward J. Saunders, Tokhir Dadaev, Mark N. Brook, Kan Wang, Xin Sheng, Ali Amin Al Olama, Fredrick R. Schumacher, Sue A. Ingles, Koveela Govindasami, Sara Benlloch, Sonja I. Berndt, Demetrius Albanes, Stella Koutros, Kenneth Muir, Victoria L. Stevens, Susan M. Gapstur, Catherine M. Tangen, Jyotsna Batra, Judith A. Clements, Henrik Grönberg, Nora Pashayan, Johanna Schleutker, Alicja Wolk, Catharine West, Lorelei A. Mucci, Peter Kraft, Géraldine Cancel‐Tassin, Karina D. Sørensen, Lovise Mæhle, Eli Marie Grindedal, Sara S. Strom, David E. Neal, Freddie C. Hamdy, Jenny Donovan, Ruth C. Travis, Robert J. Hamilton, Barry S. Rosenstein, Yong‐Jie Lu, Graham G. Giles, Adam S. Kibel, Ana Vega, J.T. Bensen, Manolis Kogevinas, Kathryn L. Penney, Jong Y. Park, Janet L. Stanford, Cezary Cybulski, Børge G. Nordestgaard, Hermann Brenner, Christiane Maier, Jeri Kim, Manuel R. Teixeira, Susan L. Neuhausen, Kim De Ruyck, Azad Hassan Abdul Razack, Lisa F. Newcomb, Davor Lessel, Radka Kaneva, Nawaid Usmani, Frank Claessens, Paul A. Townsend, Manuela Gago-Domínguez, Monique J. Roobol, F. Ménégaux, Kay‐Tee Khaw, Lisa Cannon‐Albright, Hardev Pandha, Stephen N. Thibodeau, Daniel J. Schaid, B. E. Henderson, Mariana C. Stern, Alison Thwaites, Michelle Guy, Ian Whitmore, Angela Morgan, Cyril Fisher, Steve Hazel, Naomi Livni, Margaret Cook, Laura Fachal, Stephanie J. Weinstein, Laura E. Beane Freeman, Robert N. Hoover, Mitchell J. Machiela, Artitaya Lophatananon, Brian D. Carter, Phyllis J. Goodman, Leire Moya, Srilakshmi Srinivasan, Mary‐Anne Kedda, Trina Yeadon, Allison Eckert, Martin Eklund, Carin Cavalli-Bjoerkman, Alison M. Dunning, Csilla Sipeky, Niclas Håkansson, Rebecca Elliott, Hardeep Ranu, Edward L. Giovannucci, Constance Turman, David J. Hunter, Olivier Cussenot, Torben F. Ørntoft, J. Athene Lane, Sarah J. Lewis, Michael S. Davis, Tim Key, Paul Brown, Girish S. Kulkarni, Alexandre R. Zlotta, Neil E. Fleshner, Antonio Finelli, Xueying Mao, Jacek Marzec, Robert J. MacInnis, Roger Milne, John L. Hopper, Miguel Aguado, Mariona Bustamante, Gemma Castaño‐Vinyals, Esther Gràcia‐Lavedan, Lluís Cecchini, Meir J. Stampfer, Jing Ma, Thomas A. Sellers, Milan S. Geybels, Hyun Jung Park, Babu Zachariah, Suzanne Kolb, Dominika Wokołorczyk, Jan Lubiński, Wojciech Kluźniak, Sune F. Nielsen, Maren Weisher, Katarina Ćuk, Walther Vogel, Manuel Luedeke, Christopher J. Logothetis, Paula Paulo, Marta Cardoso, Sofia Maia, María P. Silva, Linda Steele, Yuan Chun Ding, Gert De Meerleer, Sofie De Langhe, Hubert Thierens, Jasmine Lim, Meng H. Tan, Aik T. Ong, Darina Kachakova, A. Mitkova, Vanio Mitev, Matthew Parliament, Guido Jenster, Christopher Bangma, Fritz H. Schröder, Thérèse Truong, Yves Akoli Koudou, Agnieszka Michael, Andrzej Kierzek, Ami Karlsson, Michael Broms, Huihai Wu, Claire Aukim-Hastie, Lori S. Tillmans, Shaun M. Riska, Shannon K. McDonnell, David Dearnaley, Amanda B. Spurdle, Robert A. Gardiner, Vanessa M. Hayes, Lisa M. Butler, Renea A. Taylor, Melissa Papargiris, Pâmela Saunders, Paula Kujala, Kirsi Talala, Kimmo Taari, Søren M. Bentzen, Belynda Hicks, Aurélie Vogt, Amy Hutchinson, Angela Cox, Anne George, Ants Toi, Andrew Evans, Theodorus van der Kwast, Takashi Imai, Shiro Saito, Shan‐Chao Zhao, Guoping Ren, Yangling Zhang, Yongwei Yu, Yudong Wu, Ji Wu, Bo Zhou, John Pedersen, Ramón Lobato-Busto, José Manuel Ruiz-Dominguez, Lourdes Mengual, Antonio Alcaraz, Julio M. Pow‐Sang, Kathleen Herkommer, Tihomir Dikov, S. Christova, Ángel Carracedo, Brigitte Trétarre, Xavier Rébillard, Claire Mulot, Jan Adolfsson, Pär Stattin, Jan-Erik Johansson, Richard M. Martin, Ian M. Thompson, Suzanne K. Chambers, Joanne F. Aitken, Lisa Horvath, Anne‐Maree Haynes, Wayne D. Tilley, Gail P. Risbridger, Markus Aly, Tobias Nordström, Paul D.P. Pharoah, Teuvo L.J. Tammela, Teemu J. Murtola, Anssi Auvinen, Neil Burnet, Gill Barnett, Gerald L. Andriole, Aleksandra Klim, Bettina F. Drake, Michael Borre, Harry Ostrer, Hong-Wei Zhang, Guangwen Cao, Ji Lin, Jin Ling, Meiling Li, Ninghan Feng, Jie Li, Weiyang He, Xin Guo, Zan Sun, Guomin Wang, Jianming Guo, Melissa C. Southey, Liesel M. FitzGerald, Gemma Marsden, Antonio Gómez‐Caamaño, Ana M. Carballo, Paula Peleteiro, Patricia Calvo, Robert Szulkin, Javier Llorca, Trinidad Dierssen-Sotos, Inés Gómez‐Acebo, Hui‐Yi Lin, Elaine A. Ostrander, Rasmus Bisbjerg, Peter Klarskov, Martin Andreas Røder, Peter Kr. Iversen, Bernd Holleczek, Christa Stegmaier, Thomas Schnoeller, Philipp Bohnert, Esther M. John, Piet Ost, Soo‐Hwang Teo, Marija Gamulin, Tomislav Kuliš, Zeljko Kastelan, Chavdar Slavov, Elenko Popov, Thomas Van den Broeck, Steven Joniau, Samantha Larkin, Jose E. Castelao, Marı́a Elena Martı́nez, Ron H. N. van Schaik, Jianfeng Xu, Sara Lindström, Elio Ríboli, Clare Berry, Afshan Siddiq, Federico Canzian, Laurence N. Kolonel, Loïc Le Marchand, Matthew L. Freedman, Sylvie Cénée, Fredrik Wiklund, Stephen J. Chanock, Douglas F. Easton, Rosalind A. Eeles, Zsofia Kote-Jarai, David V. Conti, Christopher A. Haiman

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversity Health NetworkUniversity of AlbertaPrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthCancer Research UKEuropean CommissionRoyal Marsden NHS Foundation TrustNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute for Health and Care ResearchNational Cancer Research InstituteMedical Research CouncilCancer Research Institute
Mots-clésGermlineProstate cancerVariation (astronomy)BiologyMedicineCancerOncologyGeneticsGenePhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Chromosome 8q24 is a susceptibility locus for multiple cancers, including prostate cancer. Here we combine genetic data across the 8q24 susceptibility region from 71,535 prostate cancer cases and 52,935 controls of European ancestry to define the overall contribution of germline variation at 8q24 to prostate cancer risk. We identify 12 independent risk signals for prostate cancer (p < 4.28 × 10−15), including three risk variants that have yet to be reported. From a polygenic risk score (PRS) model, derived to assess the cumulative effect of risk variants at 8q24, men in the top 1% of the PRS have a 4-fold (95%CI = 3.62–4.40) greater risk compared to the population average. These 12 variants account for ~25% of what can be currently explained of the familial risk of prostate cancer by known genetic risk factors. These findings highlight the overwhelming contribution of germline variation at 8q24 on prostate cancer risk which has implications for population risk stratification.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,319
Écart entre enseignants0,303 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations59
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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