GENE-21. A COMMON FETAL DEVELOPMENTAL ORIGIN FOR PFA EPENDYMOMA, PFB EPENDYMOMA, AND CEREBELLAR PILOCYTIC ASTROCYTOMAS?
Notice bibliographique
Résumé
Single cell RNA-sequencing (scRNAseq) of murine cerebellum at nine fetal and immediate post-natal (E10-P14) times points on >60,000 individual cells to identified >30 transcriptionally distinct cell clusters. Based on marker gene expression, many clusters resemble known cerebellar stem, progenitor, and differentiated cell types, while other clusters are more novel. Pseudo-time trajectory assisted in the reconstruction of known and novel developmental lineages, including the lineage of the cerebellar radial glia. A population of stem cells in the ventricular zone (VZ) gives rise to the progenitors of the GABAergic cerebellar interneurons, as well as the gliogenic progenitor cells, which subsequently become Bergmann glia and astrocytes. A novel, but clearly distinct and robust cluster of cells with transcriptional similarity to both the roof plate and the rhombic lip was identified. Comparison of bulk RNA-seq from human PFA, PFB, and cerebellar pilocytic astrocytomas (C-PA) reveals that all three-tumor types best transcriptionally match the gliogenic progenitor cells, with some similarity to VZ stem cells and the ‘roof plate like’ stem cells. Furthermore, all three tumor types are transcriptionally much more similar to the gliogenic progenitors at E16 than at E14 or E18. Subclustering of gliogenic progenitors reveals significant intra-cluster heterogeneity, with the ependymomas transcriptionally matching one subcluster, and the C-PA clearly matching a very different subcluster. scRNAseq of human PFA and PFB ependymomas reveals multiple tumor cell clusters within a given human ependymoma, with some clusters matching most closely to the gliogenic progenitors, and others matching best to the ‘roof plate like’ stem cells. Similarity to the ‘roof plate stem cells’ (E10-E14), and gliogenic progenitors (E14-E18) suggests an embryonic origin for PFA, PFB, and C-PA, suggests specific novel cells of origin, and offers a novel opportunity to understand posterior fossa tumor transcriptomic targets for novel therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».