GENE-26. MOLECULAR CHARACTERIZATION OF BENIGN AND MALIGNANT PERIPHERAL NERVE SHEATH TUMORS THAT OCCUR IN SPORADIC AND SYNDROMIC SETTINGS
Notice bibliographique
Résumé
Neurofibromas, a peripheral nerve sheath tumor commonly associated with Neurofibromatosis Type 1, are broadly categorized as cutaneous or peripheral nerve neurofibromas (localized or plexiform lesions). More recently, atypical neurofibromatous neoplasm of unknown biological potential (ANNUBP) has been described and believed to be a premalignant tumor, although the oncogenic drivers of malignant transformation are poorly understood. In this study, we establish the spectrum of genomic drivers of neuronal tumors, benign and malignant, in sporadic and syndromic settings. We performed multiplatform genomic analysis of a total of 110 cutaneous neurofibromas, peripheral nerve neurofibromas and malignant peripheral nerve sheath tumors (MPNSTs). We performed methylation profiling and RNA sequencing on these tumors. Genomic data was bioinformatically analyzed to identify biologically relevant subgroups. Correlation and validation of key drivers were carried out using a series of IHC and in-vitro studies. Consensus clustering of methylation data reliably distinguished between cutaneous and peripheral nerve tumors that supports the theory that cutaneous neurofibromas have a distinct cell of origin. Copy number analysis (CNA) identified a loss of 9p in 35% of peripheral nerve neurofibromas. Consensus clustering of peripheral nerve neurofibromas alone identified 3 subgroups, with group 1 tumors having no CNAs and groups 2&3 enriched for tumors with CDKN2A loss (p < 0.05). In addition, ANNUBP were associated with the loss of CDKN2A (p < 0.05). Neurofibromas with loss of CDKN2A had gene sets associated with H3K27me3 and sarcomas upregulated, while genes associated with neuronal and Schwann cell signature downregulated. The genomic and epigenomic landscape of neurofibromas is poorly understood. We identified that atypical neurofibromas have loss of CDKN2A, suggesting that it is lost early in malignant transformation. The loss of CDKN2A may lead to dysregulation of H3K27me3, and further work is needed to identify the molecular alterations and pathways involved in malignant transformation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».