IMMU-40. SINGLE-CELL LEVEL COMPARISON OF HISTOPATHOLOGY AND SINGLE-CELL RNA-SEQ DATABASES BETWEEN IDH-MUT AND –WT GLIOBLASTOMAS REVEALS DISTINCT INNATE IMMUNE MICROENVIRONMENTS THAT CAN BE EXPLOITED FOR THERAPEUTIC GAIN
Notice bibliographique
Résumé
Most immune cells in the glioblastoma (GBM) microenvironment are microglia and macrophages (MMs), but they are poorly understood. We sought to characterize these innate immune cells in human untreated IDH-WT and rare IDH-MUT GBM tissue to elucidate differences underlying their disparate prognoses relevant to immunotherapy design. An in-house automated segmentation protocol that quantifies at the single-cell level was used to analyze newly diagnosed human GBM (9 IDH-WT, 4 IDH-MUT). Three large sections (3-8mm in diameter) were quantitated to capture potential spatial heterogeneity. Expression of CD68, HLA-A/B/C, TNFa, CD163, IL10, TGFB2, Iba1 intensity, and surface area were enumerated and combined into an activation profile in Iba1+ cells (MMs). Results were validated with flow cytometry. Human IDH-MUT (GSE89567) and –WT (GSE84465) single-cell RNA-seq databases were then compared using novel bioinformatics techniques to affirm results. MM content is drastically reduced in IDH-MUT compared to –WT GBMs (4.9 ± 1.4% vs. 37.2 ± 7.3% of all GBM cells, respectively; p=0.0154). Surprisingly, a large range of MM content was found in IDH-WT GBMs, from 1.6 ± 0.6% to 71.9 ± 13.4%. Positive correlation with flow cytometry corroborated these results (Pearson r=0.7296; p=0.026). Inflammatory phenotypic variability was again seen in MMs in both IDH-MUT and –WT GBMs, but IDH-MUT GBM-associated MMs were more activated/pro-inflammatory (124.5 ± 21.6 pro-inflammatory units vs. 54.0 ± 15.6 pro-inflammatory units; p=0.0265). Comparison of single-cell RNA-seq databases after normalization and dynamic pruning of hierarchical clustering dendrograms verified MMs in IDH-MUT GBMs were more pro-inflammatory, but that this was driven by anti-inflammatory macrophages in IDH-WT GBMs as opposed to microglia which were pro-inflammatory in all tumors (p < 0.01). This is one of the first studies to characterize MMs in untreated human IDH-MUT GBMs and identify dissimilarities to the IDH-WT innate immune microenvironment that can be targeted by immunotherapies. Also, considerable MM phenotypic heterogeneity suggests precision immunotherapy approaches are crucial.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».