TMIC-07. HYPOXIC MICROENVIRONMENT CONFERS SPECIFIC ALTERATIONS IN DNA METHYLATION PROFILES IN GLIOBLASTOMA
Notice bibliographique
Résumé
High cellularity and poorly organized tumour vasculature in high-grade gliomas leads to insufficient blood supply, hypoxic areas, and ultimately to the formation of necrosis. Thus, hypoxia is a hallmark of malignant glioma microenvironment and it is associated with aggressive tumor behavior such as growth, progression, and resistance to chemo-radiation. Current pathologic markers are insufficient to identify patients that may benefit from specific treatments. We therefore, hypothesized that underlying epigenetic alterations confer therapeutic resistance under hypoxic conditions. Twenty five GBM patients were consented and treated with pimonidazole (PIMO) 16–18 hours prior to surgery. Tumor sections were subjected to immunohistochemical analysis using antibodies against PIMO and other hypoxia markers such HIF1a and CAIX. Samples were subjected to laser capture microdissection followed by DNA isolation and DNA methylation profiling using the Illumina Human Methylation EPIC Array. Data was analyzed using minfi and conumee packages in Bioconductor, together with appropriate biostatistics tools. PIMO score was determined to range from 10–60% and positively correlated with other hypoxia markers such as CA IX and HIF1a (p4,000) were hypomethylated. Gene set enrichment analysis (GSEA) indicated that the majority of these CpGs are associated with genes involved in signalling cascades and oncogenic processes, including WNT and NOTCH. These were compared to DNA methylation profiles of glioma stem cells exposed to transient hypoxia and extensive overlap was found in proportion of hypomethylated CpG sites and cellular processes that were altered. These findings were correlated with complementary RNA expression data from RNA sequencing to establish the biological relevance of changes in DNA methylation profiles under hypoxia in GBM.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».