RTHP-07. TRANSCRIPTION FACTOR NETWORKS OF OLIGODENDROGLIOMAS (IDH-MUTANT AND 1p/19q CODELETED) TREATED WITH ADJUVANT RADIOTHERAPY OR OBSERVATION INFORMS PROGNOSIS
Notice bibliographique
Résumé
Multicentre sequencing efforts have allowed for the molecular characterization of low-grade gliomas (LGG)(The Cancer Genome Atlas (TCGA), 2015). We sought to analyze TCGA gene expression datasets on oligodendrogliomas patients treated with adjuvant radiation (RT) or those observed to discover prognostic markers and pathways. mRNA expression and clinical information of patients with oligodendroglioma were taken from the TCGA “Brain Lower Grade Glioma” provisional dataset. Transcription factor network reconstruction and analysis were performed using the R packages “RTN” and “RTNsurvival”. Elastic net regularization and survival modeling were performed using the “biospear”, “plsRCox”, “survival” packages. From our cohort of 137 patients, 65 received adjuvant RT and 72 were observed. In the cohort that received adjuvant RT, a transcription factor activity signature was generated that was associated with shorter progression-free survival (PFS) (HR = 2.3, p < 0.001). This increased risk was not seen in patients who were observed (HR = 0.8, p = 0.3). Within the observation cohort, transcription factors associated with the circadian clock pathway (ARNTL, ARNTL2, CLOCK) predicted for poorer PFS (HR = 1.6, p < 0.01). A transcription factor activity signature was generated that was associated with poor PFS (HR = 1.8, p < 10–5) and OS (HR = 1.7, p < 0.002) only for those patients who were observed. Median OS in the observation cohort negative for the signature was not reached, but was 70 months for patients positive for the signature. CONCLUSIONS: We identified a transcription factor activity signature associated with poor prognosis in patients with IDH mutated and 1p19q codeleted oligodendroglioma treated with adjuvant radiotherapy. These patients would be potential candidates for treatment intensification. A second signature was generated for patients who were more likely to progress on observation. This potentially identifies a cohort who would benefit from upfront adjuvant radiotherapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,024 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».