Characterization of the Escherichia coli Virulent Myophage ST32
Notice bibliographique
Résumé
The virulent phage ST32 that infects the Escherichia coli strain ST130 was isolated from a wastewater sample in China and analyzed. Morphological observations showed that phage ST32 belongs to the Myoviridae family, as it has an icosahedral capsid and long contractile tail. Host range analysis showed that it exhibits a broad range of hosts including non-pathogenic and pathogenic E. coli strains. Interestingly, phage ST32 had a much larger burst size when amplified at 20 °C as compared to 30 °C or 37 °C. Its double-stranded DNA genome was sequenced and found to contain 53,092 bp with a GC content of 44.14%. Seventy-nine open reading frames (ORFs) were identified and annotated as well as a tRNA-Arg. Only nineteen ORFs were assigned putative functions. A phylogenetic tree using the large terminase subunit revealed a close relatedness with four unclassified Myoviridae phages. A comparative genomic analysis of these phages showed that the Enterobacteria phage phiEcoM-GJ1 is the closest relative to ST32 and shares the same new branch in the phylogenetic tree. Still, these two phages share only 47 of 79 ORFs with more than 90% identity. Phage ST32 has unique characteristics that make it a potential biological control agent under specific conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».