Identification of symbiosis‐regulated genes in <i>Eucalyptus globulus–Pisolithus tinctorius</i> ectomycorrhiza by differential hybridization of arrayed cDNAs
Notice bibliographique
Résumé
Summary Ectomycorrhiza development alters gene expression in the fungal and plant symbionts. The identification of a large number of genes expressed exclusively or predominantly in the symbiosis will contribute greatly to the understanding of the development of the ectomycorrhizal symbiosis. We have constructed a cDNA library of 4‐day‐old Eucalyptus globulus–Pisolithus tinctorius ectomycorrhiza and sequenced 850 cDNAs cloned randomly or obtained through suppression subtractive hybridization (SSH). Based on the absence of a database match, 43% of the ectomycorrhiza ESTs are coding for novel genes. At the developmental stage analysed (fungal sheath formation), the majority of the identified sequences represented ‘housekeeping’ proteins, i.e. proteins involved in gene/protein expression, cell‐wall proteins, metabolic enzymes, and components of signalling systems. We screened arrayed cDNAs to identify symbiosis‐regulated genes by using differential hybridization. Comparisons of signals from free‐living partners and symbiotic tissues revealed significant differences in expression levels (differential expression ratio >2.5) for 17% of the genes analysed. No ectomycorrhiza‐specific gene was detected. The results successfully demonstrate the use of the cDNA array and SSH systems as general approaches for dissecting symbiosis development, and provide the first global picture of the cellular functions operating in ectomycorrhiza.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».