MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2900612925 · doi:10.1134/s1022795418110145

The New Role of СysB Transcription Factor in Cysteine Degradation and Production of Hydrogen Sulfide in E. coli

2018· article· en· W2900612925 sur OpenAlexfundno aff
Tatiana A. Seregina, Maxim Nagornykh, К. В. Лобанов, Р. С. Шакулов, А. С. Миронов

Notice bibliographique

RevueRussian Journal of Genetics · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAmino Acid Enzymes and Metabolism
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesPublic Health Agency of Canada
Mots-clésCysteineBiologyMutantBiochemistryTranscription factorGeneCell biologyEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The paradoxical effect of deletion of the Escherichia coli genes cysK and cysM encoding cysteine synthase enzymes has been studied: such cysteine auxotrophs actively degrade the excess of cysteine transported from the medium to form H2S. We have shown that deletions of any of the known genes controlling the degradation of exogenous cysteine, including the genes aspC, mstA, cysK, cysM, tnaA, metC, and malY, as well as the newly discovered genes yciW, cyuA, cyuP, and cyuR, do not deprive the cysteine auxotrophs ΔcysK ΔcysM of the ability to degrade cysteine. Cysteine degradation in the ΔcysK ΔcysM mutant is positively regulated by the products of the cysB and cysE genes. It is significant that the ΔcysK ΔcysM mutant shows an increased transcription of the genes opposing the oxidative stress (sodA, catG, arcA, and cydD). We assume that oxidative stress in cells of the ΔcysK ΔcysM mutant is provoked by restriction of cysteine resynthesis, while cysB-dependent degradation of exogenous cysteine and generated H2S provide protection against oxidative stress.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,228
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueRussian Journal of GeneticsMême sujetAmino Acid Enzymes and MetabolismTravaux en français237 207