TCF7L1 and TCF7 differentially regulate specific mouse ES cell genes in response to GSK-3 inhibition
Notice bibliographique
Résumé
The genome-wide chromatin occupancy of the TCF/LEF factors and its modulation by Wnt pathway activation remain poorly defined. Here, we describe mouse ES cell (mESC) lines expressing a single copy knock-in of the 3xFLAG epitope at the N-terminus of TCF7L1 and TCF7, the two most-highly expressed TCF/LEF factors in mESCs. TCF7L1 protein levels, detected by immunoblotting with a FLAG antibody, were much higher than TCF7 in mESCs maintained in standard serum- and LIF-supplemented medium, even in the presence of the GSK-3 inhibitor, CHIR99021 (CHIR). We used FLAG antibody-mediated ChIP-seq to determine TCF7 and TCF7L1 chromatin occupancy in mESCs cultured in standard medium with or without CHIR for 14 hours. TCF7 and TCF7L1 displayed very few overlapping ChIP peaks across the genome, with TCF7L1 binding significantly more genes than TCF7 in both culture conditions. Despite a reduction in total TCF7L1 protein after CHIR treatment, the TCF7L1 ChIP peak profiles were not uniformly attenuated. Our data demonstrate that TCF7L1 chromatin occupancy upon short-term CHIR treatment is modulated in a target-specific manner. Our findings also suggest that Wnt target genes in mESCs are not regulated by TCF/LEF switching, and TCF7L1, although often called a constitutive repressor, may serve as a transcriptional activator of certain target genes in CHIR-treated mESCs. Highlights ChIP and cytometry data suggest that TCF7L1 does not directly regulate mESC Nanog expression. TCF7L1 remains associated with β-catenin in the presence of CHIR99021. TCF7 and TCF7L1 display different chromatin occupancies in mESCs. TCF7L1 binding at specific genomic sites is variably altered by CHIR99021.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».