Fecal bacterial microbiota of Canadian commercial mink (Neovison vison): Yearly, life stage, and seasonal comparisons
Notice bibliographique
Résumé
The gastrointestinal microbiome is known to play a critical role in animal health but has been relatively poorly characterized in commercial mink, an obligate carnivore. Whether the microbiota can be manipulated in mink to improve pelt quality, health, and well-being is unknown. The objectives of this study were to characterize the fecal microbiota of commercial mink, and to evaluate potential changes due to year (2014 vs 2015), life stage (adult female vs weaned kit), season (summer vs winter), and between Canadian farms. Pooled fecal samples were collected from adult females and weaned kits in the summers of 2014 (n = 173) and 2015 (n = 168), and from females in the winter of 2016 (n = 39), a time when females undergo marked calorie restriction, from 49 mink farms in Ontario. Bacterial DNA was extracted and the V4 region of the 16S rRNA gene was amplified. Approximately 22 million sequences were identified following quality control filtering. A total of 31 bacterial phyla were identified; however, only 3 comprised >1% of the total sequences identified, with Firmicutes and Proteobacteria together comprising 95% of the total sequences. Comparisons were made by life stage, season and year; no differences were found in the relative abundance of any taxa between samples collected from adult females and weaned kits from the same year and the greatest number of differences at each taxonomic level were noted between 2014 and 2015. Significantly more operational taxonomic units (OTUs) were found in 2014 than 2015 or 2016 (p<0.05) and samples from 2014 were more even, but less diverse than in 2015 (p = 0.002 and 0.001, respectively). There were significant differences in community population and structure by year and season (all p-values <0.001). The predominant phyla and genera at the farm level were similar from year to year. Together, these indicate that mink environment, season, and time are important factors in the stability of gastrointestinal microbiota, once mink reach maturity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».