MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2901361513 · doi:10.1371/journal.pgen.1007772

Function and regulation of the Caenorhabditis elegans Rab32 family member GLO-1 in lysosome-related organelle biogenesis

2018· article· en· W2901361513 sur OpenAlexfundno aff
Caitlin Morris, Olivia K. Foster, Simran Handa, Kimberly Peloza, Laura Voss, Hannah Somhegyi, Youli Jian, My Van Vo, Marie Harp, Fiona M. Rambo, Chonglin Yang, Greg J. Hermann

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular transport and secretion
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCurtin University of TechnologyGenome British ColumbiaNational Science Foundation
Mots-clésRabBiogenesisBiologyCell biologyCaenorhabditis elegansGranule (geology)OrganelleGuanine nucleotide exchange factorLysosomeEndosomeMutantBiochemistryGTPaseGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cell type-specific modifications of conventional endosomal trafficking pathways lead to the formation of lysosome-related organelles (LROs). C. elegans gut granules are intestinally restricted LROs that coexist with conventional degradative lysosomes. The formation of gut granules requires the Rab32 family member GLO-1. We show that the loss of glo-1 leads to the mistrafficking of gut granule proteins but does not significantly alter conventional endolysosome biogenesis. GLO-3 directly binds to CCZ-1 and they both function to promote the gut granule association of GLO-1, strongly suggesting that together, GLO-3 and CCZ-1 activate GLO-1. We found that a point mutation in GLO-1 predicted to spontaneously activate, and function independently of it guanine nucleotide exchange factor (GEF), localizes to gut granules and partially restores gut granule protein localization in ccz-1(-) and glo-3(-) mutants. CCZ-1 forms a heterodimeric complex with SAND-1(MON1), which does not function in gut granule formation, to activate RAB-7 in trafficking pathways to conventional lysosomes. Therefore, our data suggest a model whereby the function of a Rab GEF can be altered by subunit exchange. glo-3(-) mutants, which retain low levels of GLO-3 activity, generate gut granules that lack GLO-1 and improperly accumulate RAB-7 in a SAND-1 dependent process. We show that GLO-1 and GLO-3 restrict the distribution of RAB-7 to conventional endolysosomes, providing insights into the segregation of pathways leading to conventional lysosomes and LROs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,160
Score d'incertitude au seuil0,393

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,191
Écart entre enseignants0,181 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuePLoS GeneticsMême sujetCellular transport and secretionTravaux en français237 207