Putatively adaptive genetic variation in the giant California sea cucumber (<i>Parastichopus californicus</i>) as revealed by environmental association analysis of restriction‐site associated DNA sequencing data
Notice bibliographique
Résumé
Understanding the spatial scale of local adaptation and the factors associated with adaptive diversity are important objectives for ecology and evolutionary biology, and have significant implications for effective conservation and management of wild populations and natural resources. In this study, we used an environmental association analysis to identify important bioclimatic variables correlated with putatively adaptive genetic variation in a benthic marine invertebrate-the giant California sea cucumber (Parastichopus californicus)-spanning coastal British Columbia and southeastern Alaska. We used a redundancy analysis (RDA) with 3,699 single nucleotide polymorphisms (SNPs) obtained using RAD sequencing to detect candidate markers associated with 11 bioclimatic variables, including sea bottom and surface conditions, across two spatial scales (entire study area and within subregions). At the broadest scale, RDA revealed 59 candidate SNPs, 86% of which were associated with mean bottom temperature. Similar patterns were identified when population structure was accounted for. Additive polygenic scores, which provide a measure of the cumulative signal across all candidate SNPs, were strongly correlated with mean bottom temperature, consistent with spatially varying selection across a thermal gradient. At a finer scale, 23 candidate SNPs were detected, primarily associated with surface salinity (26%) and bottom current velocity (17%). Our findings suggest that environmental variables may play a role as drivers of spatially varying selection for P. californicus. These results provide context for future studies to evaluate the genetic basis of local adaptation in P. californicus and help inform the relevant scales and environmental variables for in situ field studies of putative adaptive variation in marine invertebrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».