Assembly of the O Antigen in the Highly Pathogenic Escherichia Coli Serotype O104:H4
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli serotype O104:H4 (ECO104) is an intestinal pathogen that causes severe bloody diarrhea and hemolytic-uremic syndrome, which can lead to kidney failure and death. Lipopolysaccharides (LPS) are important virulence factors in Gram-negative bacteria and our goal is to understand the enzymes and mechanisms involved in the assembly of the outer O antigenic polysaccharides of the ECO104 LPS. The O antigen repeating unit of ECO104 has the structure [4-Galα1-4Neu5,7,9Ac3α2-3Galβ1-3GalNAcβ1-]n, which contains a mimic of the human sialyl-T-antigen found on certain types of cancer cells. Each monosaccharide subunit of the repeating structure is added sequentially by glycosyltransferases. These enzymes catalyze the transfer of a donor sugar from a nucleotide sugar onto a nucleophilic acceptor. Our aim was to biochemically characterize the second, third and fourth glycosyltransferases that synthesize the repeating unit of ECO104 by expressing the enzymes transgenically in non-pathogenic E. coli BL21, by purifying the enzymes and performing enzyme assays to determine substrate specificity, co-factor requirements, and enzyme kinetics, as well as creating single point mutations in the enzymes to identify key residues. The second enzyme, WbwC, a β1,3-Gal-transferase, has an absolute requirement for a diphosphate in the acceptor. Remarkably, the third enzyme, α2,3-sialyltransferase WbwA, and the fourth enzyme, α1,4-Gal-transferase WbwB, also have this requirement. This finding is unique in that glycosyltransferases further down the O antigen synthesis pathway usually do not require a diphosphate in the acceptor substrate. WbwB does not require any divalent metal ions for activity and several synthetic bis-imidazolium salts could inhibit the enzymes. This work provides insight into the biosynthesis of bacterial polysaccharides and identifies potential anti-bacterial targets and a strategy for vaccine synthesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».