Genomic analysis of the mesophilic Thermotogae genus <i>Mesotoga</i> reveals phylogeographic structure and genomic determinants of its distinct metabolism
Notice bibliographique
Résumé
Summary The genus Mesotoga , the only described mesophilic Thermotogae lineage, is common in mesothermic anaerobic hydrocarbon‐rich environments. Besides mesophily, Mesotoga displays lineage‐specific phenotypes, such as no or little H 2 production and dependence on sulfur‐compound reduction, which may influence its ecological role. We used comparative genomics of 18 Mesotoga strains (pairwise 16S rRNA identity >99%) and a transcriptome of M. prima to investigate how life at moderate temperatures affects phylogeography and to interrogate the genomic features of its lineage‐specific metabolism. We propose that Mesotoga accomplish H 2 oxidation and thiosulfate reduction using a sulfide dehydrogenase and a hydrogenase‐complex and that a pyruvate:ferredoxin oxidoreductase acquired from Clostridia is responsible for oxidizing acetate. Phylogenetic analysis revealed three distinct Mesotoga lineages (89.6%–99.9% average nucleotide identity [ANI] within lineages, 79.3%–87.6% ANI between lineages) having different geographic distribution patterns and high levels of intra‐lineage recombination but little geneflow between lineages. Including data from metagenomes, phylogeographic patterns suggest that geographical separation historically has been more important for Mesotoga than hyperthermophilic Thermotoga and we hypothesize that distribution of Mesotoga is constrained by their anaerobic lifestyle. Our data also suggest that recent anthropogenic activities and environments (e.g., wastewater treatment, oil exploration) have expanded Mesotoga habitats and dispersal capabilities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».