301. The Use of Multiplex Touchdown PCR to Genotype <i>Cutibacterium</i> (<i>Propionibacterium</i>) <i>acnes</i> Isolated from Periprosthetic Shoulder Infections
Notice bibliographique
Résumé
As biogeographic surveys of the human skin microbiome have shown that C. acnes is a major component of the residential axillary microflora, the organism is frequently isolated from synovial tissue and joint aspirates obtained from patients with suspected periprosthetic shoulder infections. We hypothesized that multilocus sequence typing (MLST) applying a prior validated rapid high through-put multiplex PCR protocol would segregate C. acnes into distinctive phylogroups associated with periprosthetic infections compared with commensal strains. C. acnes collected between 2015 and 2017 were correlated with the presence or absence of infection in a detailed retrospective chart review. To determine the C. acnes genotype, bacterial genomic DNA isolated from a single patient isolate served as template in a six locus multiplex touchdown PCR assay using organism-specific primers targeting six genes (16S rRNA, ATPase, sodA, Fic toxin, aspD and recA). Isolates were classified as a contaminant in the absence of multiple positive cultures from an anatomic site and without corresponding clinical, laboratory and histopathologic correlates of infection. The assignment of a diagnosis of prosthetic joint infection (PJI) conformed to the definition recommended by the IDSA Clinical Practice Guidelines of PJI. Of the C. acnes recovered from 94 patients, 14 (14.9%) were from patients with shoulder implants of which shoulder PJI was present in 10 individuals (10.6% of the total). The remaining 84 (89.4%) isolates were retrieved from a variety of tissue and fluid samples of which the majority (65.5%) were deemed as contaminants. Overall, phylogroups IA1, IB, and II predominated (79.8%). Although a similar genetic profile was present in all of the shoulder isolates, no phylogroup association was detected with PJI (P < 0.72). No genetic difference was present in the lineage of strains not causing PJI compared with those responsible for PJI (P < 0.25). Our results mirror those from a previous investigation using a less robust four gene MLST PCR based scheme that showed a lack of a phylogenetic association with shoulder PJI. Our results are a reflection of the phylogroup composition of the circulating C. acnes sequence types in our community. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».