Retrotransposon insertion as a novel mutational event in Bardet‐Biedl syndrome
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Bardet-Biedl syndrome (BBS) is an autosomal recessive pleiotropic disorder of the primary cilia that leads to severe visual loss in the teenage years. Approximately 80% of BBS cases are explained by mutations in one of the 21 identified genes. Documented causative mutation types include missense, nonsense, copy number variation (CNV), frameshift deletions or insertions, and splicing variants. METHODS: Whole genome sequencing was performed on a patient affected with BBS for whom no mutations were identified using clinically approved genetic testing of the known genes. Analysis of the WGS was done using internal protocols and publicly available algorithms. The phenotype was defined by retrospective chart review. RESULTS: We document a female affected with BBS carrying the most common BBS1 mutation (BBS1: Met390Arg) on the maternal allele and an insertion of a ~1.7-kb retrotransposon in exon 13 on the paternal allele. This retrotransposon insertion was not automatically annotated by the standard variant calling protocols used. This novel variant was identified by visual inspection of the alignment file followed by specific genome analysis with an available algorithm for transposable elements. CONCLUSION: This report documents a novel mutation type associated with BBS and highlights the importance of systematically performing transposon detection analysis on WGS data of unsolved cases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».