Redefining<i>Humicola sensu stricto</i>and related genera in the<i>Chaetomiaceae</i>
Notice bibliographique
Résumé
The traditional concept of the genusHumicolaincludes species that produce pigmented, thick-walled and single-celled spores laterally or terminally on hyphae or minimally differentiated conidiophores. More than 50 species have been described in the genus. Species commonly occur in soil, indoor environments, and compost habitats. The taxonomy ofHumicolaand morphologically similar genera is poorly understood in modern terms. Based on a four-locus phylogeny, the morphological concept ofHumicolaproved to be polyphyletic. The type ofHumicola,H. fuscoatra, belongs to theChaetomiaceae. In theChaetomiaceae, species producing humicola-like thick-walled spores are distributed among four lineages:Humicola sensu stricto,Mycothermus,Staphylotrichum,andTrichocladium. In our revised concept ofHumicola, asexual and sexually reproducing species both occur. The re-definedHumicolacontains 24 species (seven new and thirteen new combinations), which are described and illustrated in this study. The species in this genus produce conidia that are lateral, intercalary or terminal on/in hyphae, and conidiophores are not formed or are minimally developed (micronematous). The ascospores of sexualHumicolaspecies are limoniform to quadrangular in face view and bilaterally flattened with one apical germ pore. Seven species are accepted inStaphylotrichum(four new species, one new combination). Thick-walled conidia ofStaphylotrichumspecies usually arise either from hyphae (micronematous) or from apically branched, seta-like conidiophores (macronematous). The sexual morph represented byStaphylotrichum longicolleum(=Chaetomium longicolleum) produces ascomata with long necks composed of a fused basal part of the terminal hairs, and ascospores that are broad limoniform to nearly globose, bilaterally flattened, with an apical germ pore. TheTrichocladiumlineage has a high morphological diversity in both asexual and sexual structures. Phylogenetic analysis revealed four subclades in this lineage. However, these subclades are genetically closely related, and no distinctive phenotypic characters are linked to any of them. Fourteen species are accepted inTrichocladium,including one new species, twelve new combinations. The type species ofGilmaniella,G. humicola, belongs to the polyphyletic familyLasiosphaeriaceae(Sordariales), butG. macrosporaphylogenetically belongs toTrichocladium. The thermophilic genusMycothermusand the type speciesMy. thermophilumare validated, and one newMycothermusspecies is described. Phylogenetic analyses show thatRemersonia, another thermophilic genus, is sister toMycothermusand two species are known, including one new species.Thermomyces verrucosusproduces humicola-like conidia and is transferred toBotryotrichumbased on phylogenetic affinities. This study is a first attempt to establish an inclusive modern classification ofHumicolaand humicola-like genera of theChaetomiaceae. More research is needed to determine the phylogenetic relationships of “humicola”-like species outside theChaetomiaceae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».