Meta-analysis of GWAS of bovine stature with >50,000 animals imputed to whole-genome sequence
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Extensive meta analysis of GWAS in humans has identified 697 significant SNP, however these SNP explainonly 20% the total genetic variation. In order to compare the genetic architecture of stature in humans tostature in cattle, we performed a large meta-analysis using imputed sequence data. The 1000 Bull Genomesproject provided a multi-breed reference population of 1,147 sequenced animals to impute SNP-chipgenotypes up to whole genome sequence for 15 populations. The populations from Australia, Canada,Denmark, Finland, France, Germany, the Netherlands, and the USA represented the Angus, Fleckvieh,Holstein, Jersey, Montbeliarde, Normande, and Nordic Red Dairy Cattle breeds. Genome-wide associationstudies were performed on stature phenotypes for each of the populations. Individual GWAS studies revealedmany QTL regions and several regions harboured good candidate genes, e.g. PLAG1, IGF2. Results fromthese GWAS studies were combined in a meta-analysis to increase the power for QTL detection and torefine QTL regions exploiting the different patterns of LD among the breeds. Results of this meta-analysiswill be validated in an independent population to determine how much of the variation in stature can beexplained by the significant SNP
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle