Use of next generation sequencing to investigate the microbiota of experimentally induced wounds and the effect of bandaging in horses
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To use next generation sequencing to characterize the microbiota of horses during healing of skin wounds in two anatomical locations (body and limb) known to present different healing patterns; and to investigate the impact of bandaging on bacterial communities of skin wounds located on the limbs of horses. METHODS: Full-thickness skin wounds were created on the distal extremity of both thoracic limbs and on one lateral mid-thoracic wall of four healthy horses. Limb wounds were randomly assigned to bandaging or not. A full-thickness sample was collected with a biopsy punch from intact thorax and limb skin (T0) and from the margin of one wound per site (thorax, unbandaged limb, bandaged limb) 1 week (T1) and 2 weeks (T2) postoperatively, and at full healing (T3). Thoracic skin samples obtained from three healthy horses were included in the analysis as controls. RESULTS: Anatomic location (thorax vs. limb) significantly influenced bacterial composition of equine skin and healing wounds. Fusobacterium and Actinobacillus were strongly associated with limb wounds during the initial phases of healing. Bandaging had a significant impact on the microbiota during the healing process. The skin microbiota after healing was more similar to samples from controls, demonstrating the resilience and stability of the environment. CONCLUSIONS: Equine skin microbiota is a rich and stable environment that is disturbed by wounding, but returns to its previous stage after full healing. Anatomic location significantly influences bacterial composition of the equine skin during wound healing. Bandaging has a significant impact on the skin microbiota of horses during the healing process. Results of this study provide new insight for a better understanding of the contribution of bacteria to wound healing in horses and may facilitate the future development of therapeutic strategies using commensal bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».