Emerging antimicrobial resistance among <i>Escherichia coli</i> strains in bloodstream infections in Toronto, 2006–2016: a retrospective cohort study
Notice bibliographique
Résumé
<h3>Background:</h3> Enterobacteriaceae that produce extended-spectrum β-lactamase (ESBL) have emerged as a serious threat, with variable rates depending on geographic region. We determined the prevalence of ESBL-producing <i>Escherichia coli</i>, <i>Klebsiella pneumoniae</i>, <i>K. oxytoca</i> and <i>Proteus mirabilis</i> in bloodstream infections in Toronto from 2006 through 2016. <h3>Methods:</h3> All patients with <i>E. coli</i>, <i>K. pneumoniae</i>, <i>K. oxytoca</i> and <i>P. mirabilis</i> isolated from blood in a tertiary care microbiology laboratory in Toronto between 2006 and 2016 (1 isolate per species per patient per year) were included in this retrospective cohort study. Organisms were identified by conventional methods, and susceptibility testing was performed according to Clinical and Laboratory Standards Institute standards. Screening for ESBL and phenotypic confirmatory testing were done with a modified Clinical and Laboratory Standards Institute method. ST131 clonal type was determined by means of an established protocol. <h3>Results:</h3> The proportion of ESBL-producing <i>E. coli</i> isolates increased significantly between 2006 and 2016, from 6.4% (19/296) to 17.3% (89/513) (<i>p</i> < 0.001). This trend was seen in both intensive care units and emergency departments. Concurrently, the proportion of ST131 among ESBL-producing <i>E. coli</i> also increased significantly, from 31.6% (6/19) in 2006 to 73.0% (65/89) in 2016 (<i>p</i> = 0.03). Among ESBL-producing <i>E. coli,</i> significant resistance was noted to multiple antimicrobial classes. Comparable increases in the proportion of ESBL-producing <i>K. pneumoniae</i>, <i>K. oxytoca</i> and <i>P. mirabilis</i> were not noted. <h3>Interpretation:</h3> We observed a significant increase in the proportion of ESBL-producing <i>E. coli</i> in bloodstream infections in Toronto temporally correlated with an increase in the ST131 clonal type. Recognition of this dramatic rise is important to inform empiric antibiotic treatment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».