Intergeneric Relationships within the Early-Diverging Angiosperm Family Nymphaeaceae Based on Chloroplast Phylogenomics
Notice bibliographique
Résumé
The order Nymphaeales, consisting of three families with a record of eight genera, has gained significant interest from botanists, probably due to its position as a basal angiosperm. The phylogenetic relationships within the order have been well studied; however, a few controversial nodes still remain in the Nymphaeaceae. The position of the Nuphar genus and the monophyly of the Nymphaeaceae family remain uncertain. This study adds to the increasing number of the completely sequenced plastid genomes of the Nymphaeales and applies a large chloroplast gene data set in reconstructing the intergeneric relationships within the Nymphaeaceae. Five complete chloroplast genomes were newly generated, including a first for the monotypic Euryale genus. Using a set of 66 protein-coding genes from the chloroplast genomes of 17 taxa, the phylogenetic position of Nuphar was determined and a monophyletic Nymphaeaceae family was obtained with convincing statistical support from both partitioned and unpartitioned data schemes. Although genomic comparative analyses revealed a high degree of synteny among the chloroplast genomes of the ancient angiosperms, key minor variations were evident, particularly in the contraction/expansion of the inverted-repeat regions and in RNA-editing events. Genome structure, and gene content and arrangement were highly conserved among the chloroplast genomes. The intergeneric relationships defined in this study are congruent with those inferred using morphological data.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».