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Discovery of common and rare genetic risk variants for colorectal cancer
Jeroen R. Huyghe, Stephanie A. Bien, Tabitha A. Harrison, Hyun Min Kang, Sai Chen, Stephanie L. Schmit, David V. Conti, Conghui Qu, Jihyoun Jeon, Christopher K. Edlund, Peyton Greenside, Michael Wainberg, Fredrick R. Schumacher, Joshua D. Smith, David Levine, Sarah C. Nelson, Nasa Sinnott-Armstrong, Demetrius Albanes, M. Henar Alonso, Kristin E. Anderson, Coral Arnau‐Collell, Volker Arndt, Christina Bamia, Barbara L. Banbury, John A. Baron, Sonja I. Berndt, Stéphane Bezieau, D. Timothy Bishop, Juergen Boehm, Heiner Boeing, Hermann Brenner, Stefanie Brezina, Stephan Buch, Daniel D. Buchanan, Andrea N. Burnett‐Hartman, Katja Butterbach, Bette J. Caan, Peter T. Campbell, Christopher S. Carlson, Sergi Castellvı́-Bel, Andrew T. Chan, Jenny Chang-Claude, Stephen J. Chanock, María‐Dolores Chirlaque, Sang‐Hee Cho, Charles M. Connolly, Amanda J. Cross, Katarina Ćuk, Keith R. Curtis, Albert de la Chapelle, Kimberly F. Doheny, David Duggan, Douglas F. Easton, Sjoerd G. Elias, Faye Elliott, Dallas R. English, Edith J. M. Feskens, Jane C. Figueiredo, Rocky Fischer, Liesel M. FitzGerald, David Forman, Manish Gala, Steven Gallinger, W. James Gauderman, Graham G. Giles, Elizabeth M. Gillanders, Jian Gong, Phyllis J. Goodman, William M. Grady, John Grove, Andrea Gsur, Marc J. Gunter, Robert W. Haile, Jochen Hampe, Heather Hampel, Sophia Harlid, Richard B. Hayes, Philipp Hofer, Michael Hoffmeister, John L. Hopper, Wan‐Ling Hsu, Wen‐Yi Huang, Thomas J. Hudson, David J. Hunter, Gemma Ibáñez‐Sanz, Gregory Idos, Roxann Ingersoll, Rebecca D. Jackson, Eric J. Jacobs, Mark A. Jenkins, Amit D. Joshi, Corinne E. Joshu, Temitope O. Keku, Timothy J. Key, Hyeong Rok Kim, Emiko Kobayashi, Laurence N. Kolonel, Charles Kooperberg, Tilman Kühn, Sébastien Küry, Sun‐Seog Kweon, Susanna C. Larsson, Cecelia Laurie, Loı̈c Le Marchand, Suzanne M. Leal, Soo Chin Lee, Flavio Lejbkowicz, Mathieu Lemire, Christopher I. Li, Li Li, Wolfgang Lieb, Yi Lin, Annika Lindblom, Noralane M. Lindor, Hua Ling, Tin L. Louie, Satu Männistö, Sanford D. Markowitz, Vicente Martín, Giovanna Masala, Marilena Melas, Roger L. Milne, Lorena Moreno, Neil Murphy, Robin Myte, Alessio Naccarati, Polly A. Newcomb, Kenneth Offit, Shuji Ogino, N. Charlotte Onland-Moret, Barbara Pardini, Patrick S. Parfrey, Rachel Pearlman, Vittorio Perduca, Paul D.P. Pharoah, Mila Pinchev, Elizabeth A. Platz, Ross L. Prentice, Elizabeth Pugh, Leon Raskin, Gad Rennert, Hedy S. Rennert, Elio Ríboli, Miguel Rodríguez‐Barranco, Jane Romm, Lori C. Sakoda, Clemens Schafmayer, Robert Schoen, Daniela Seminara, Mitul Shah, Tameka Shelford, Min‐Ho Shin, Katerina Shulman, Sabina Sieri, Martha L. Slattery, Melissa C. Southey, Zsofia K. Stadler, Christa Stegmaier, Yu‐Ru Su, Catherine M. Tangen, Stephen N. Thibodeau, Duncan C. Thomas, Sushma Thomas, Amanda E. Toland, Antonia Trichopoulou, Cornelia M. Ulrich, David Van Den Berg, Franzel J. B. van Duijnhoven, Bethany Van Guelpen, Henk van Kranen, Joseph Vijai, Kala Visvanathan, Pavel Vodička, Ludmila Vodičková, Veronika Vymetalkova, Korbinian Weigl, Stephanie J. Weinstein, Emily White, Aung Ko Win, C. Roland Wolf, Alicja Wolk, Michael O. Woods, Anna H. Wu, Syed H. Zaidi, Brent W. Zanke, Qing Zhang, Wei Zheng, Peter C. Scacheri, John D. Potter, Michael C. Bassik, Anshul Kundaje, Graham Casey, Vı́ctor Moreno, Gonçalo R. Abecasis, Deborah A. Nickerson, Stephen B. Gruber, Li Hsu, Ulrike Peters
Notice bibliographique
RevueNature Genetics · 2018
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGenetic factors in colorectal cancer
Établissements canadiensMemorial University of NewfoundlandLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteOntario Institute for Cancer ResearchUniversity of TorontoMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Environmental Health SciencesCenter for Gastrointestinal Biology and Disease, School of Medicine, University of North Carolina at Chapel HillNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilJohns Hopkins Bloomberg School of Public HealthUniversity of OxfordWorld Health OrganizationUniversity of North Carolina at Chapel HillOhio State UniversityNational Institutes of HealthChonnam National UniversityCancer Research UKInvitaeMyriad GeneticsNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesChonnam National University Hwasun HospitalJohns Hopkins University
Mots-clésBiologyColorectal cancerGeneticsComputational biologyCancerBioinformatics
Résumé
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.
Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,008
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,351
Écart entre enseignants0,326 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreSynthèse
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations605
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentnon