237 Jejunum lymph node transcriptome reveals the importance of genes of phagosome and T cell receptor signalling pathways in Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis infection.
Notice bibliographique
Résumé
Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP) is the causative agent of Johne’s disease (JD). MAP infects ruminants and resides in the intestinal submucosa, macrophages/dendritic cells causing progressive weight loss and decreased productivity. The molecular mechanisms by which MAP subverts host immune system causing extensive formation of granulomas and tissue damage are poorly understood.HRSP12 (p=4.43E-05), PCDHGA5 (p=4.43E-05), NFYA (p=1.48E-04) and HLA-DOB (p=1.48E-04) might have proles in MAP infection. For example, HLA-DOB gene encodes a protein in the MHC Class II with critical roles in the initiation of antigen-specific immune responses. Phagolysosome membrane (p.FDR=3e-08) and neutrophil degranulation (p.FDR=6.83–07) were the most enriched cellular components and biological processes GO terms, respectively, thus supporting the roles of genes in these immune related processes in the regulation of JD. Pathways enrichment identified phagosome, metabolic, tuberculosis, carbon metabolism, Vibrio cholerae infection pathways, and pathways essential for T-cell functions (RAC1 signaling, TCR signaling in naive CD4+ T cells and CD8+ T cells, Thromboxane A2 receptor and IL8 signalling pathways) as important for MAP infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».