Characteristics of interactions at protein segments without non-local intramolecular contacts in the Protein Data Bank
Notice bibliographique
Résumé
The principle of three-dimensional protein structure formation is a long-standing conundrum in structural biology. A globular domain of a soluble protein is formed by a network of atomic contacts among amino acid residues, but regions without intramolecular non-local contacts are often observed in the protein structure, especially in loop, linker, and peripheral segments with secondary structures. Although these regions can play key roles for protein function as interfaces for intermolecular interactions, their nature remains unclear. Here, we termed protein segments without non-local contacts as floating segments and sought them in tens of thousands of entries in the Protein Data Bank. As a result, we found that 0.72% of residues are in floating segments. Regarding secondary structural elements, coil structures are enriched in floating segments, especially for long segments. Interactions with polypeptides and polynucleotides, but not chemical compounds, are enriched in floating segments. The amino acid preferences of floating segments are similar to those of surface residues, with exceptions; the small side chain amino acids, Gly and Ala, are preferred, and some charged side chains, Arg and His, are disfavored for floating segments compared to surface residues. Our comprehensive characterization of floating segments may provide insights into understanding protein sequence-structure-function relationships.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».