PSXIV-18 Genome-wide association study to identify genomic regions and single nucleotide polymorphisms functionally associated with bull fertility.
Notice bibliographique
Résumé
Many beef producers select their animals for production traits such as carcass weight or tenderness; however, this may result in a loss of highly reproductive traits. In order to keep up with the production and demand of beef products, the proportion of calves born needs to increase accordingly. The most effective and cost-efficient way to achieve this is by researching the potentials to improve bull fertility, as it is known to play an important role in increasing herd size. Contrary to cow fertility traits, many fertility related traits in bulls (such as semen volume, motility, and scrotal circumference (SC)) are moderately to highly heritable (ranging from 0.29 to 0.78) and therefore are significantly influenced by genetics. We performed a genome-wide association study (GWAS) to identify genomic regions and single nucleotide polymorphisms (SNPs) significantly associated with SC in crossbred beef bulls and candidate genes related to bull fertility. The population in our study included 267 purebred and crossbreed beef bulls that had been previously genotyped with the Affymetrix GeneChip® Bovine Genome High Density Array. Bulls were 139 months of age on average, and had an average SC of 36.64 cm. Genotype quality control was performed, resulting in a final marker set of 421,354 SNPs distributed across the 29 Bos taurus autosomes. Preliminary results showed two SNPs significantly associated with SC, AX-20927056 and AX-20927088, both of which were located on chromosome 16. Furthermore, a haplotype-based GWAS identified two haplotype blocks significantly associated with SC on chromosomes 3 and 4, which are located in ZSCAN20 and KCND2 respectively. Both of these genes are involved in regulating sex and reproduction processes and therefore are candidate genes influencing SC. Further analysis will identify if there is a correlation with other bull fertility traits such as motility measurements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».