060 The nasopharyngeal microbiota of beef cattle before and after transport to a feedlot
Notice bibliographique
Résumé
The nasopharyngeal (NP) microbiota plays an important role in bovine health, comprising a rich and diverse microbial community. The nasopharynx is also the niche for potentially pathogenic agents, which are associated with bovine respiratory disease (BRD), a serious and costly illness in feedlot cattle. We used 14 beef heifers from a closed and disease-free herd to assess the dynamics of the NP microbiota of cattle that are transported to a feedlot. Cattle were sampled prior to transport to the feedlot (d 0) and at d 2, 7, and 14. The structure of the NP microbiota significantly changed over the course of the study, with the largest shift occurring between d 0 (prior to transport) and 2 (P < 0.001). Phylogenetic diversity and richness increased following feedlot placement (d 2; P < 0.05). The genera Pasteurella, Bacillus, and Proteus were enriched at d 0, Streptococcus and Acinetobacter at d 2, Bifidobacterium at d 7, and Mycoplasma at d 14. The functional potential of the NP microbiota was assessed using PICRUSt, revealing that replication and repair, as well as translation pathways, were more relatively abundant in d-14 samples. These differences were driven mostly by Mycoplasma. Although 8 cattle were culture positive for the BRD-associated bacterium Pasteurella multocida at one or more sampling times, none were culture positive for Mannheimia haemolytica or Histophilus somni. This study investigated the effect that feedlot placement has on the NP microbiota of beef cattle over a 14-d period. Within 2 d of transport to the feedlot, the NP microbiota significantly changed, increasing in both phylogenetic diversity and phylogenetic richness. These results demonstrate that there is an abrupt shift in the NP microbiota of cattle after transportation to a feedlot. This may have importance for understanding why cattle are most susceptible to BRD after feedlot placement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».