Acceptor Stem Differences Contribute to Species-Specific Use of Yeast and Human tRNASer
Notice bibliographique
Résumé
The molecular mechanisms of translation are highly conserved in all organisms indicative of a single evolutionary origin. This includes the molecular interactions of tRNAs with their cognate aminoacyl-tRNA synthetase, which must be precise to ensure the specificity of the process. For many tRNAs, the anticodon is a major component of the specificity. This is not the case for the aminoacylation of alanine and serine to their cognate tRNAs. Rather, aminoacylation relies on other features of the tRNA. For tRNASer, a key specificity feature is the variable arm, which is positioned between the anticodon arm and the T-arm. The variable arm is conserved from yeast to human. This work was initiated to determine if the structure/function of tRNASer has been conserved from Saccharomyces cerevisiae to human. We did this by detecting mistranslation in yeast cells with tRNASer derivatives having the UGA anticodon converted to UGG for proline. Despite being nearly identical in everything except the acceptor stem, human tRNASer is less active than yeast tRNASer. A chimeric tRNA with the human acceptor stem and other sequences from the yeast molecule acts similarly to the human tRNASer. The 3:70 base pair in the acceptor stem (C:G in yeast and A:U in humans) is a prime determinant of the specificity. Consistent with the functional difference of yeast and human tRNASer resulting from subtle changes in the specificity of their respective SerRS enzymes, the functionality of the human and chimeric tRNASerUGG molecules was enhanced when human SerRS was introduced into yeast. Residues in motif 2 of the aminoacylation domain of SerRS likely participated in the species-specific differences. Trp290 in yeast SerRS (Arg313 in humans) found in motif 2 is proximal to base 70 in models of the tRNA-synthetase interaction. Altering this motif 2 sequence of hSerRS to the yeast sequence decreases the activity of the human enzyme with human tRNASer, supporting the coadaptation of motif 2 loop–acceptor stem interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».