Salmonid gene expression biomarkers indicative of physiological responses to changes in salinity, temperature, but not dissolved oxygen
Notice bibliographique
Résumé
Abstract An organism’s ability to respond effectively to environmental change is critical to their survival. Yet, life stage and overall condition can dictate tolerance thresholds to heightened environmental stressors, such that stress may not be equally felt across individuals within a species. Environmental changes can induce transcriptional responses in an organism, some of which reflect generalized responses, and others are highly specific to the type of change being experienced. Thus, if transcriptional biomarkers specific to a heightened environmental stressor, even under multi-stressor impacts, can be identified, the biomarkers could be then applied in natural environments to determine when and where individuals are experiencing such stressors. Here, we validate candidate gill gene expression biomarkers by experimentally challenging juvenile Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha ). A sophisticated experimental set-up (four trials) manipulated salinity (freshwater, brackish water, and seawater), temperature (10, 14, and 18°C), and dissolved oxygen (normoxia and hypoxia), in all 18 possible combinations, for up to six days during the pre-smolt, smolt, and de-smolt life stages. In addition, we also describe the changes in juvenile behaviour, plasma variables, gill Na + /K + - ATPase (NKA) activity, body size, body morphology, and skin pigmentation associated with salinity, temperature, dissolved oxygen, mortality, and smolt status. We statistically identified biomarkers specific to salinity and temperature treatments, as well as mortality across multiple stressors and life stages. Similar biomarkers for the dissolved oxygen treatment could not be identified in the data and we discuss our next steps using an RNA-seq study. This work demonstrates the unique power of gene expression biomarkers to identify a specific stressor even under multi-stressor conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».