PSXIV-17 Gene co-expression network analysis identifies important modules and genes for cow’s response to Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis infection in the small intestine.
Notice bibliographique
Résumé
Johne’s disease (JD), caused by Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP), is an important economic disease of dairy cows. However, little is known about the mechanisms underlying JD development. Here, we combined weighted gene coexpression network (WGCNA) and enrichment analyses to identify important genes, pathways and transcription factors (TF)s regulating MAP infection in cow’s small intestine. Total RNA from ileum, ileum lymph node, mid-jejunum and mid-jejunum lymph node tissues from five MAP-infected and five healthy cows was subjected to RNA-sequencing (Illumina HiSeq2500) followed by bioinformatics processing (standard softwares). Raw read count was normalized with Deseq2 and the co-expression patterns of 5000 most highly variable genes were identified using WGCNA. Enrichment analyses were accomplished with EnrichR. Nine co-expressed gene modules were identified. Two of them, CYAN and DARKRED, were correlated to JD status (p<0.05). CTSH and MERTK were the hub genes (have the highest level of inter-connectivity with other genes in the module) of CYAN (401 genes) and DARKRED (110 genes) modules, respectively. CTSH is important for degradation of lysosomal proteins and MERTK is involved in phagocytosis of apoptotic cells (efferocytosis), which are important processes during MAP infection. Neutrophil degranulation and lysosome pathways were the most enriched (p.FDR≤3.04e-26) biological process and KEGG pathway for CYAN genes suggesting involvement in the maintenance of host integrity by MAP infection. Phagocytosis and Staphylococcus aureus infection were the most enriched (p.FDR≤0.003) GO and KEGG pathway for DARKRED genes suggesting participation in phagocytosis process and disease related pathways. The most significantly enriched TFs for CYAN and DARKRED modules were SPI1 (involved in activation of gene expression during myeloid/B-lymphoid cell development) and EP300 (involved in transcriptional regulation of genes via chromatin remodeling), respectively. This study highlighted important genes and networks involved in the host response to MAP infection in the small intestine which furthers understanding of the biology of JD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».