348 The initial gut microbial composition is a key factor driving host responses to antibiotic treatment.
Notice bibliographique
Résumé
Antibiotics are important for treating bacterial infections in veterinary medicine, but the efficacy and side effects of antibiotics as well as host health outcomes vary in medicine and experimental models. To investigate the causality of specific variations in pre-existing microbiome on host responses to antibiotics, C57Bl/6 female mice (n = 32, 6 weeks of age) harboring a normal microbiota without Escherichia coli were allocated to 4 treatments in a 2 × 2 factorial arrangement with or without addition of commensal E. coli; and with or without metronidazole in drinking water for 4 days. The gut microbiota was characterized by sequencing 16S rRNA gene amplicons on a MiSeq platform and resulting compositional data were analyzed using QIIME, and changes in beta-diversity were assessed by PERMANOVA analysis. Host innate defense responses were measured by gene expression and ELISA and analyzed using the GLM procedure of SAS. E. coli colonized readily without causing a notable shift in microbiota (adonis, P = 0.26) or host response (P > 0.1). However, the presence of E. coli strongly affected metronidazole-induced microbiota shifts, including reduced richness (Chao1, P < 0.05) and alpha-diversity (Shannon index, P < 0.01), and significantly increased the serum endotoxin levels (P < 0.05) which has previously been correlated with host proinflammatory response and protein synthesis repression. Remarkably, E. coli led to variations in host response to metronidazole treatment, indicated by increased colonic expression of antimicrobial peptides, regenerating islet-derived protein 3β (Reg3β ) and Reg3γ (P < 0.05), and tumor necrosis factor-α (P < 0.05). This study indicates that even minor variations in initial commensal microbiota can drive shifts in microbial composition and host immune response as well as metabolic outcomes in response to antibiotic administration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».