Microbial dysbiosis and mortality during mechanical ventilation: a prospective observational study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Host-associated microbial communities have important roles in tissue homeostasis and overall health. Severe perturbations can occur within these microbial communities during critical illness due to underlying diseases and clinical interventions, potentially influencing patient outcomes. We sought to profile the microbial composition of critically ill mechanically ventilated patients, and to determine whether microbial diversity is associated with illness severity and mortality. METHODS: We conducted a prospective, observational study of mechanically ventilated critically ill patients with a high incidence of pneumonia in 2 intensive care units (ICUs) in Hamilton, Canada, nested within a randomized trial for the prevention of healthcare-associated infections. The microbial profiles of specimens from 3 anatomical sites (respiratory, and upper and lower gastrointestinal tracts) were characterized using 16S ribosomal RNA gene sequencing. RESULTS: We collected 65 specimens from 34 ICU patients enrolled in the trial (29 endotracheal aspirates, 26 gastric aspirates and 10 stool specimens). Specimens were collected at a median time of 3 days (lower respiratory tract and gastric aspirates; interquartile range [IQR] 2-4) and 6 days (stool; IQR 4.25-6.75) following ICU admission. We observed a loss of biogeographical distinction between the lower respiratory tract and gastrointestinal tract microbiota during critical illness. Moreover, microbial diversity in the respiratory tract was inversely correlated with APACHE II score (r = - 0.46, p = 0.013) and was associated with hospital mortality (Median Shannon index: Discharged alive; 1.964 vs. Deceased; 1.348, p = 0.045). CONCLUSIONS: The composition of the host-associated microbial communities is severely perturbed during critical illness. Reduced microbial diversity reflects high illness severity and is associated with mortality. Microbial diversity may be a biomarker of prognostic value in mechanically ventilated patients. TRIAL REGISTRATION: ClinicalTrials.gov ID NCT01782755 . Registered February 4 2013.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».